Dovinė, Spernia, Bambena (Šešupės intakas)   Jotija (Šešupės intakas)   Kirsna (Šešupės intakas)   Nova (Šešupės intakas)   Pilvė (Šešupės intakas)   Rausvė (Šešupės intakas)   Siesartis (Šešupės intakas)   Šeimena (Senaširvintės intakas)   Šešupė (Nemuno intakas)   Širvinta (Šeimenos intakas)   Višakis (Šešupės intakas)

Šešupė yra trečiasis pagal ilgį (298 km) ir ketvirtasis pagal maitinančio baseino plotą (6 105 km²) Nemuno intakas, įtekantis į jį iš kairės, 85 km iki jo žiočių . Upė teka per senąsias jotvingių žemes (apie tai byloja išlikę hidronimai: Jotija, Jotupis, Kirsna, Sasna). Dabar Lietuvoje yra 80 % (4 899 km²) jos baseino ploto ir 53 % (158 km) vagos ilgio. Šešupės aukštupys (27 km, baseino plotas 287 km²) – Lenkijoje, 51,2 km teka Lietuvos-Rusijos siena, vidurupio ir žemupio dalis (62 km, 919 km²) – Rusijoje.

Šešupės baseine vyrauja vidutinio sunkumo ir sunkūs priemoliai, ant kurių susidarė derlingi velėniniai karbonatiniai dirvožemiai. Negiliai nukalkėjusiose lygumose seniau augo plačialapiai miškai arba eglynai su plačialapių priemaiša. Dar XVI a. čia dunksojo dideli ąžuolynai, kuriuos, deja, netrukus pradėta intensyviai kirsti. Kirtavietės, vadinamos būdos (išliko vietovardžiai: Būda, Būdviečiai, Ąžuolų Būda, Griškabūdis), plėtėsi ir jų vietoje radosi ariamos žemės. Daugiausia miškų iškirsta  Šakių, Vilkaviškio rajonuose, lygumoje, išliko tik juodalksnynų miškelių, augančių pašlapusiose žemėse. Didesni miškai auga pagal Jotiją, Novą, taip pat apie Šunskus, Paežerius, Buktą ir, žinoma, Kazlų Rūdą. Baseino vidutinis miškingumas yra apie 15 %.

Šešupės baseine vyrauja plokščios, ledyno plaštakų ir liežuvių išgulėtos, o vėliau prieledyninių ežerų apskalautos ir jų nuosėdomis apneštos dubumos, kurias pietuose skiria tarpliežuviniai moreniniai masyvai (Teizų-Verstaminų, Rudaminos, Salaparaugio-Trakėnų) ir  vėliau susidariusios Pietų Lietuvos galinės morenos (Igliaukos-Šilavoto kalvagūbris).

Ledynas anksčiausiai pasitraukė iš Sūduvos aukštumų prieigų, ir vietoj jo sutyvuliavo prieledyninės marios. Šių dugne susiformavo aukščiausio lygio nuolaidi stambiai banguota limnoglacialinė lyguma, kuria teka Šešupės aukštupys iki Buktos. Platėjančios prieledyninės marios išsilaikė ilgai.Tuomet jų dugne susidarė smulkiai banguotos lygumos pakopa, nusitęsianti į šiaurę iki pat Marijampolės. Marių intakai, ypač didieji, vilko daug sąnašų, iš kurių
susiklostė smėlėtos deltos. Šitokia yra Kazlų Rūdos delta, susidariusi rytiniame prieledyninių marių pakraštyje iš Neries proupės sąnašų. Marioms toliau slūgstant, Šešupė sekė įkandin tolstančio kranto ir, žinoma, pasirinko žemiausias buvusio dugno vietas; taip atsirado Buktos kilpos. Žemiau jų Šešupė teka iš pietų į šiaurę orientuotu nuosrūvos lataku, kuriuo kadaise tekėjo liekaninio Buktos-Žuvinto ežero vandenys į didelį limnoglacialinį baseiną, telkšojusį Šakių-Vilkijos-Tauragės apylinkėse.

Vidurupio ruože Šešupės slėnis platus, bet seklus, upė labai vingiuoja erdvioje salpoje. Ištekėjus prieledyniniam baseinui, susidarė Šešupės žemupys, įsriegęs dideles kilpas į ketvirto – žemiausio lygio limnoglacialinę lygumą. Pačiame žemupyje, 12 km iki žiočių, Šešupė staiga pasuka į šiaurę ir patenka į senslėnį, kuriuo ledynmečio pabaigoje Aistmarių link plūdo tik ką susidariusio Nemuno vandenys. Toliau pietuose šiuo senslėniu srūva Įstrutis – Priegliaus intakas. 1891 m. reguliuojant laivuojamą Nemuno vagą Šešupės žiotys buvo pasuktos 1 km aukštyn.

Šešupė yra nuosekli upė, tekanti reljefo pagrindinio nuolydžio kryptimi ir suformavusi klasikinį – įgaubtą – vagos profilį. Vidutinis nuolydis yra 0,50 m/km. Vaga vingiuota (vidutinis Kv = 1,65), ypač tarp Želsvelės ir Dovinės žiočių (Kv = 2,88) bei 10 km ruože aukščiau Jotijos žiočių (Kv = 2,66). Vingiai stambūs ir palyginti reti, juos lemia slėnio (orografinis) vingiuotumas. Iš vingiuotų Šešupės intakų, kuriuose vyrauja smulkesni, tankesni vingiai, paminėtina Nova (Kv = 1,56), Pilvė (Kv = 1,51), Senaširvintė (Kv = 1,50. Beje, melioruojant žemes kai kurių upių itin vingiuoti ruožai buvo ištiesinti ir dėl to jų ilgis labai pasikeitė.
Šešupės baseinas turi dešiniąją asimetriją, t. y. dešiniųjų intakų baseinų plotas yra didesnis už kairiųjų intakų baseinų plotą (Ks=-0,165). Ši disproporcija pasidaro ypač ryški (Ks=-0,60), kai į Šešupę įteka didelį baseiną turintis dešinysis intakas Dovinė. Šešupės baseiną drenuoja tankus upių tinklas (1,35 km/km²), kuriame svariausia yra mažų upelių ir melioravimo griovių (trumpesnių kaip 3 km) dalis (62 % viso upių tinklo). Šešupė turi 13 intakų, ilgesnių kaip 20 km, iš kurių didžiausi yra Nova (dešinysis, ilgis 69 km, baseino plotas 403 km²), Siesartis (dešinysis, 60,5 km, 198 km²), Pilvė (dešinysis, 57 km, 330 km²), Rausvė (kairysis, 49 km, 204 km²), Jotija (dešinysis, 48 km, 275 km²), Dovinė (dešinysis, 47 km, 589 km²), Višakis (dešinysis, 44,5 km, 333 km²), Širvinta (kairysis, 44 km, 1 313 km²), Kirsna (dešinysis, 28 km, 458 km²).

Lietuvos teritorijos ribose dabar prie pačios Šešupės veikia 2 vandens matavimo stotys – Kudirkos Naumiesčio (3 179 km², veikia nuo 1931 m.) bei Liubavo (įsteigta 2005 m., baseino plotas 180 km²). Iš anksčiau veikusių dviejų ežerinių stočių: Metelių prie Dusios (1940 – 2000) ir Žuvinto (1966) pastaruoju metu veikia tik Žuvinto rezervato vandens matavimo stotis.

Šešupės žemupyje (Rusijoje) esančios Dolgojės vandens matavimo stoties (baseino plotas 5 830 km²) duomenimiss, baseino vidutinis metų nuotėkio hidromodulis yra 5,6 l s/km², t. y. Šešupės vidutinis debitas žiotyse siekia 34,2 m³/s. Įvairių baseino dalių santykinis vandeningumas labai skiriasi. Didžiausias jis kalvotojo aukštupio (Kalvarijos vandens matavimo stoties skersainyje M = 6,6 l s/km²), o mažiausias – 80-60 m BS aukščio lygumos pakopos: jos dalinis hidromodulis, apskaičiuotas pagal skirtumą tarp Kalvarijos vandens matavimo stoties ir Marijampolės vandens matavimo stoties skersainių, yra tik 3,9 l s/km². Šiuos kontrastus lemia klimatas (kritulių kiekis, oro temperatūra) ir paklotinio paviršiaus savybės (litologija, nuolydis). Šešupės aukštupyje per metus kritulių iškrinta apie 750 mm, o minėtos lygumos rajone – apie 700-720 mm; žemupio link kritulių vėl padaugėja iki 750-800 mm. Garavimas, priešingai, mažiausias aukštupio baseine, nes čia žemesnė oro temperatūra ir, be to, nemažai kritulių įsifiltruoja į perplautus susmėlėjusius moreninius darinius. Lyguminėje Šešupės baseino dalyje, kur vyrauja vandeniui nelaidūs gruntai, garavimas siekia 540-560 mm. Šitą atspindi ir nuotėkio koeficientai: ties Kalvarijos vandens matavimo stotimi η = 0,33, o ties Marijampolės vandens matavimo stotimi – tik 0,29. Dėl tų pačių priežasčių aukštupio nuotėkis sureguliuotas (φ =0,74) geriau nei vidurupio (φ =0,58), požeminių vandenų dalis jame siekia 46 %. Pavasarį nuteka 44 %, vasarą-rudenį – 34 %, žiemą – 22 % metų nuotėkio tūrio. Šešupės vidurupio link nuotėkyje ryškiai sumažėja požeminių vandenų dalis ir, priešingai, padidėja lietaus dalis (ties Kudirkos Naumiesčiu jos yra atitinkamai 27 % ir 36 %).

Sausomis vasaromis Šešupė labai nusenka. 90 % garantijos minimalaus paros nuotėkio hidromoduliai ties Marijampole ir Kudirkos Naumiesčiu yra atitinkamai 0,64 ir 0,50 l s/km², t. y. upės debitai šiuose skersainiuose yra tik 1,1 ir 1,6 m³/s.

Itin nusenka menkiau į baseino paviršių įsirėžę upeliai – Siesartis (Šakių vandens matavimo stotis, M=0,08 l s/km²), Rausvė (Parausvių vandens matavimo stotis, M=0,05 l s/km²), Pilvė (Senažiškių vandens matavimo stotis, 0,08 l s/km² ). Labai sausais metais kai kurie upeliai, net ir maitinami palyginti didelių baseinų, išdžiūna, o žiemą – įšąla iki pat dugno. Pavyzdžiui, 1951 m. Nova ties Bliūkiškiu (214 km²) buvo išdžiūvusi 40 dienų, o 1959-1960 m. žiemą visiškai įšalusi 9 dienas. Regis, sausmečio nuotėkio nepadidina nė ežerai - ežeringo Dovinės upelio (Paežerių vandens matavimo stotis) 90 % garantijos minimalaus paros nuotėkio hidromodulis yra tik 0,14 l s/km², t. y. jis 3 kartus mažesnis, nei, tarkime, Kirsnos ties Nemunaičiu (0,43 l s/km²). Sausmečiu vandens nuotėkio erdvinis pasiskirstymas pastarosios upės baseine taip pat labai margas - didžiausi vandens moduliai būdingi ežeringam ir smėlingam aukštupiui, mažiausi – vidurupiui, nors, kita vertus, kai kurie į pastarąjį įtekantys upeliai yra itin vandeningi. Panašus vaizdas ir Kazlų Rūdos miškus drenuojančios Jūrės (kairysis Višakio intakas) baseine - 1994 m. rudenį, kada buvo daroma hidrometrinė nuotrauka, aukštupio (19 km²) hidromodulis buvo 1,97 l s/km²; į Jūrę įtekančios ir Kajackagalio raistą drenuojančios Judreikos (9 km²) hidromodulis siekė 3,5 l s/km², bet žemiau santakos su Jūre jo reikšmė lygi 2,47 l s/km², o vidurupio (61 km²) – dar mažesnė, 2,25 l s/km².
Šešupės baseine telkšo 269 ežerai (didesni kaip 0,5 ha), kurių bendras plotas 68,2 km² (baseino ežeringumas 1,1 %). Net 57 ežerai (10,5 km²) yra Lenkijos teritorijoje, didžiausi jų – Didysis Šelmentas (3,2 km²) ir Mažasis Šelmentas (1,7 km²). Rusijai priklauso 11 Šešupės baseino ežerų (0,98 km²). Ežeringiausias (7,3 %) yra Šešupės dešiniojo intako Dovinės baseinas, kuriam tenka daugiau kaip 60 % viso Šešupės baseino ežerų ploto. Būtent čia telkšo didžiausi Dusios (23,3 km²) ir Žuvinto (10,3 km²) ežerai; be jų paminėtini Simno (2,43 km²), Giluičio (2,35 km²) ir Amalvo (1,93 km²) ežerai. Širvintos baseine plyti didokas Paežerių ežeras (2,62 km²), o Želsvelės ir Kirsnos baseinuose – Žaltyčio (2,56 km²) ir Rimiečio (1,70 km²) ežerai.
Pelkėms, daugiausia žemapelkėms, tenka apie 8 % Šešupės baseino ploto. Pelkingiausia yra pietrytinė baseino dalis. Čia paplitusios plyninės ir raistinės pelkės liūla limnoglacialinių sąnašų pilnuose tarpugūbriuose. Didžiausia (68,5 km²) yra Žuvinto pelkė, susidariusi buvusio limnoglacialinio baseino dugne. Šiam baseinui ištekėjus, giliausioje vietoje liko ežeras, tad pelkėjimas plėtėsi iš pastarojo pakraščių į gretimą sausumą. Vakarinėje ir šiaurinėje dalyse pelkė jau yra aukštapelkės stadijos, kuriai būdinga stora fuskuminių durpių danga, gulinti ant tarpinių viksvinių-kimininių durpių. Lėčiau pelkėja pietrytinė pelkės dalis, kur telkšo plūduriuojančių plovų traukiamas Žuvinto ežeras. Panaši ir toliau į šiaurę esančios Amalvo pelkės (34,1 km²) kilmė ir struktūra: ant ežerinių nuosėdų slūgso žemapelkinės durpės, vakarinėje dalyje pelkė jau yra aukštapelkės stadijos, o rytinėje dalyje telkšantį liekaninį Amalvo ežerą supa žemapelkinis raistas ir plynraistis. Iš kitų tarpugūbrinių pelkių paminėtinos Iglaukos Palios (15 km²) bei Kirsnos slėnio ir Rimiečio ežero pakrančių pelkynai.
Daug pelkių yra senovinėje Kazlų Rūdos deltoje, kur palyginti nestori smėlynai susiklostė ant vandeniui nelaidžių limnoglacialinių molių. Pelkės, daugiausia aukštapelkės, susidarė užakus sekliems ežerams. Didžiausia šiame rajone yra takoskyrinė Ežerėlio pelkė (20 km²), kuri susidarė smėlių apneštame Veiverių moreninio gūbrio vakariniame pakraštyje.
Šešupės baseinas tankiai gyvenamas. Upės baseine (Lietuvoje) gyvena per 200 tūkst. gyventojų, ketvirtadalis jų – prie pačios Šešupės išaugusioje pramoninėje Marijampolėje. O kur dar Šakiai, Vilkaviškis, Lazdijai, Kalvarija ir mažesni miesteliai, kurių nuotėkos pasiekia Šešupę? O
ariamos žemės, kurioms tenka apie 50 % Šešupės baseino ploto? Kadangi taršos šaltinių yra visame baseine, biogeninių medžiagų upės vandenyje daugėja žemupio link, nors, kita vertus, žemiau miestų ir gyvenviečių būna šuoliškų vandens kokybės pokyčių. Daugiausia Šešupę teršia išaugusi Marijampolė. Norint bent iš dalies išspręsti šią problemą, t. y. padidinti Šešupės tie Marijampole sanitarinius debitus, buvo suprojektuota ir 1973 m. pradėjo veikti Dovinės nuotėkio paskirstymo sistema). Į ją įeina Dusios, Simno ir Žuvinto ežerai bei juos jungiantis Šešupės intakas – Dovinė. Sistemos bazė – Dusios ežeras, kurį patvenkus (pastačius ant ištako reguliuojantį šliuzą) užtikrinamas 0,32 m³/s 95 % tikimybės debitas. Vanduo naudojamas ir žemiau esantiems Simno žuvininkystės tvenkiniams pripildyti. Taip pat sureguliuotas Simno bei Žuvinto ežerų nuotėkis, tad visos sistemos reguliuojamasis tūris siekia 12,5 mln. m³; tokio tūrio pakanka, norint palaikyti Šešupėje ties Marijampole 2,3 m³/s (95 % tikimybės) minimalų sanitarinį debitą. Šiandien jau galima sakyti, kad projektas beveik nepasiteisino, nes jame nebuvo atsižvelgta į sureguliuoto vandens tūrio kokybę sistemos ežeruose, ypač Žuvinte. Pastarasis duoda Dovinei tiek organinių medžiagų (humuso rūgščių), kad Šešupės vandens kokybė šiuo atžvilgiu žemiau santakos net pablogėja, todėl reikalaujamas sanitarinis debitas ties Marijampole beveik padvigubėja (iki 4,2 m³/s). Siekiant pagerinti Dovinės baseino vandens telkinių būklę, 2010-2011 metais žemiau Dusios, Simno, Žuvinto ir Amalvo ežerų šliuzai-reguliatoriai buvo pertvarkyti įrengiant slenkstinio tipo nuopylas. Žemiau Simno, Žuvinto ir Amalvo ežerų nuopylos buvo suderintos su žuvitakiais.

Pradėjus kalbėti apie nuotėkio paskirstymo sistemas, būtina prisiminti ir kitas antropogenines hidrografinio tinklo rekonstrukcijas, tarp jų – Širvintos. Šešupės baseine Širvintos vardą turi dvi upės. Yra didžioji Širvinta (Senaširvintė), 20 km vingiuojanti Lietuvos – Rusijos siena ir įtekanti į Šešupę ties Kudirkos Naumiesčiu, ir mažoji Širvinta, priklausanti Šeimenai – dešiniajam didžiosios Širvintos intakui. Kadaise mažoji Širvinta buvo didžiosios bendravardės aukštypys, tačiau XIX a. iškasus ties Alvitu kanalą, ši upės dalis buvo nukreipta į Šeimeną ir virto jos intaku. Štai kodėl Šeimenos baseino plotas (648 km²) yra didesnis nei Senaširvintės iki Šeimenos žiočių (631 km²). Tačiau hidrografinė rekonstrukcija šituo nesibaigė. Kad padidėtų Šeimenos sanitarinis debitas žemiau Vilkaviškio, buvo iškastas Kastinės kanalas, ir mažosios Širvintos aukštupio vanduo pradėjo tekėti į Paežerių ežerą, o iš pastarojo, reguliuojant šliuzu, – į Šeimeną, t. y. žemesniame lygmenyje buvo pakartotas anksčiau minėtas scenarijus. Kadangi kanalu nuteka didžioji aukštupio nuotėkio dalis, Širvinta žemiau Kastinės virsta sekliu upokšniu ir atsigauna tik vidurupio pabaigoje, įsiliejus Aistai ir Zanylai (basenų plotas atitinkamai 66 km² ir 101 km²).

Melioruojant pašlapusias žemes, nukentėjo ir didžiosios pelkės. Antai Ežerėlio ir Igliaukos Palių pelkės yra intensyviai eksploatuojami durpynai; daugiau kaip 100 ha kultūrinių pievų įrengta nusausinus Amalvos pelkės pakraštį (aukštapelkę). Kirsnos slėnio ir Rimiečio ežero pelkės buvo sausinamos 1929-1932 ir 1955-1962 metais. Dėl to buvo pagilinta Kirsnos vaga ir pažemintas Rimiečio ežero vandens lygis, todėl paežerė ir slėnis ištisai paversti kultūrinėmis pievomis bei ganyklomis; durpių slėniai labai suslūgo, o geriausioji jo dalis mineralizavosi.
Šešupė nėra srauni, vandeninga upė, tačiau prie jos buvo pastatyta daug hidroelektrinių. Šį iš pirmo žvilgsnio nelogišką veiksmą skatino, matyt, žemės ūkis, kuris šioje Lietuvos dalyje visą laiką buvo intensyvesnis ir našesnis nei kituose rajonuose. Šešupės 7 hidroelektrinių kaskadoje pirmoji buvo Pilviškių HE (1932, 95 kW). 1935 m. prie jos prisidėjo Kalvarijos ir Marijampolės, o 1938 m. – Puskelnių hidroelektrinės. Pastarųjų trijų jėgainių galia buvo vienoda – po 120 kW. Prieškario statybų sąrašą užbaigė Kudirkos Naumiesčio HE (1939). Po karo pastatytos 3 hidroelektrinės prie Šešupės intakų – Šeimenos (Vilkaviškio HE, 1946, 46 kW), Kirsnos (Lazdijų HE, 1951, 25 kW) ir Dovinės (Netičkampio HE, 1952, 178 kW) bei 2 jėgainės prie pačios Šešupės (Antanavo HE, 1957, 400 kW ir Liudvinavo HE, 1958). Taip pat buvo parengtas projektas rekonstruoti Marijampolės HE ir padidinti jos galią iki 1 180 kW. Projektas neįgyvendintas, be to, pasikeitus energetikų planams, iki 1976 m. ilgainiui buvo uždarytos visos, išskyrus Antanavo HE, Šešupės baseine buvusios hidroelektrinės. Dabar veikia Marijampolės I (tvenkinio vandens tūris 220 tūkst. m³, 150 kW, 1999 m.), Marijampolės II (vandens tūris 2 730 tūkst. m³, 230 kW, 1998) bei Dovinės, Netičkampio tv. (315 ūkst, m³, galia 183 kW). Tiesa, išliko tvenkiniai, bet jie yra palyginti maži: didžiausio hidroenergetinės paskirties Antanavo tvenkinio plotas yra 0,99 km², o tūris – 1,7 mln. m³. Jei neskaityti patvenktų ežerų (Dusios, Žuvinto, Simno, Žaltyčio, Amalvo, Paežerių ir kt.), didžiausi Šešupės baseine yra žuvininkystės tvenkiniai (Kazlų Rūdos tvenkinių plotas siekia apie 4 km², o vandens tūris – 4,5 mln. m³). Be jų paminėtini kultūrinės ir buitinės paskirties tvenkiniai, pavyzdžiui, Marijampolės mieste (0,96 km²), Jūrės (0,20 km²).

Šešupės baseinas yra stipriai antropogenizuotas, tačiau jame išliko natūralaus kraštovaizdžio salų, kurioms suteiktas griežtesnis gamtosaugos statusas. Valstybės saugomų teritorijų sąraše pirmasis pagal reikšmingumą objektas, be abejonės, yra Žuvinto ežeras ir jį supančios pelkės – seniausias Lietuvos rezervatas, prof. T. Ivanausko pastangomis įsteigtas dar prieš karą, dabar vadinamas Žuvinto biosferos rezervatu. Dusios ežeras – Metelių regioninio parko (įsteigto 1992 m.) sudedamoji dalis. Jame išskirtas Dusios hidrografinis draustinis, kurio tikslas – išsaugoti didžiausią Pietų Lietuvos ežerą su jame gyvenančių žuvų rūšimis, didele maurabragių dumblių įvairove, plačius ir smėlėtus atabradus pietrytinėje pakrantėje.