Apaščia (Nemunėlio intakas)   Daugyvenė (Mūšos intakas)   Kruoja (Mūšos intakas)   Kupa (Lėvens intakas)   Lėvuo (Mūšos intakas)   Mūša, Mūsa (Lielupės intakas)   Nemunėlis, Memele (Lielupės intakas)   Pyvesa (Mūšos intakas)   Rovėja (Apaščios intakas)   Sanžilės kanalas (Lėvens intakas)   Tatula (Mūšos intakas)   Viešinta (Lėvens intakas)  Vyžuona (Nemunėlio intakas)

Latvijoje ties Bauske susiliejus  Mūšai ir Nemunėliui, gimsta Lielupė – ne itin ilga (120 km), bet didelį baseiną (17 600 km²) drenuojanti upė, įtekanti į Rygos įlanką. Lielupės formalios versmės – Latvijoje, tačiau Lietuvoje yra ilgesni ir trumpesni hidrografiniai aukštupiai, kurių daliai tenka apie 51 % baseino ploto.

MŪŠOS PABASEINIS

Mūšos ilgis iki santakos su Nemunėliu – 157 km, baseino plotas – 5 463 km². Mūšą galima pagrįstai laikyti lietuviška upe, nes mūsų krašto teritorija ji teka 140 km (įskaitant 7 km pasienio ruožą) ir renka vandenis iš 5 297 km² baseino (atitinkamai 89 % ir 97 % viso ilgio ir baseino ploto). Jos versmės yra takoskyrinės Mūšos Tyrelio pelkės vakariniuose pakraščiuose, o į rytus orientuotas aukštupys (iki Pasvalio) visą laiką glaudžiasi prie Linkuvos moreninio kalvagūbrio pietinės papėdės, todėl beveik neturi kairiųjų intakų.
Toliausiai į vakarus nutolę Mūšos aukštupio dešinieji intakai (Voverkis, Tautinys, Kulpė, Šiladis, Pala, Kruoja ir kiti) prasideda Šiaulių-Šeduvos moreniniame kalvagūbryje ir teka į šiaurės rytus Nevėžio ledyninės plaštakos suformuota riedulinga morenine lyguma. Toliau į rytus, prasideda Mūšos-Lėvens ledyninės plaštakos šoninių morenų vakarinis ruožas, ir upės (Daugyvenė, Lašmuo, Plautupis, Mažupė, Ramojus) teka į šiaurę tarpugūbriais. Sutirpus Mūšos-Lėvens ledyninei plaštakai ir ištekėjus prieledyniniams ežerams, visus šiuos upelius prisijungė laisvos dubumos link pradėjusi tekėti Mūša. Tačiau dar anksčiau šitai padarė Lėvuo – buvusio prieledyninio baseino intakas, perskrodęs savo smėlingą deltą ir pasukęs dubumos centru į šiaurę. Taigi Mūša yra senovinis Lėvens intakas, dėl to taip staigiai upė pasuka į šiaurę ties Pasvaliu. Kai kurie Lėvens dešinieji intakai (pavyzdžiui, Įstras) ir ypač Mūšos dešiniojo intako Tatulos aukštupiai teka ledyninės plaštakos šoninių morenų rytinio ruožo tarpugūbriais, todėl šiam rajonui būdingas lygiagrečiai (iš pietų į šiaurę) tekančių upelių tinklas.
Mūšos intakas Lėvuo (ilgis - 145 km, baseino plotas - 1 629 km²) išteka iš Notigalės pelkės pakraštyje telkšančio Lėvenaičio ežerėlio. Aukštupys juosia kraštinių moreninių kalvų ruožą ir netrukus patenka į pietvakarių krypties senslėnį, kurio plotis ties Kupiškiu siekia 0,6 km. Ties Karsakiškiu upė kerta smėlingą senovinę deltą, kurioje kai kur kyšo moreniniai gūbriai. Įveikęs šiuos smėlynus, Lėvuo šoninių morenų tarpugūbriu suka į šiaurę ir patenka į plaštakinę dubumą. Panašiai elgiasi ir pora kilometrų žemiau Lėvens žiočių į Mūšą įtekanti Pyvesa (93 km, 502 km²). Be jos, dar paminėtina Tatula – trečiasis pagal ilgį (65 km) ir ketvirtasis pagal plotą (453 km²) po Lėvens, Pyvesos ir Daugyvenės, Mūšos intakas.
Plaštakinės dubumos paviršių dengia plonas dugninės morenos – limnoglacialinių darinių kompleksas, po kuriuo slūgso (kai kur tik 2-3 m gylyje) pagrindinės uolienos – devono dolomitai ir gipsai. Šios uolienos (daugiausia dolomitai) atsidengia pačios Mūšos ir jos intakų – Daugyvenės, Kruojos, Lėvens, Tatulos ir kitų – pakrantėse bei vagose. Pasvalio-Biržų ruožo apylinkėse arti žemės paviršiaus esantis aukštesnis Tatulos sluoksnių gipsingas horizontas vandens intensyviai tirpinamas,  jame vyksta karstiniai procesai prasidėję dar poledynmetyje. Upėms graužiantis gilyn, žemyn leidosi ir uolienų horizontaliuose plyšiuose cirkuliavę požeminiai vandenys, todėl kai kur buvo tirpinamas net apatinis gipsingas horizontas. Iš kylančių sulfatinių šaltinių gimė Smardonė – dešinysis Tatulos intakas. Kaip ir daugelio mažų upelių, tekančių aktyvaus karsto teritorija tarp Tatulos ir Apaščios (Nemunėlio dešiniojo intako), Smardonės baseino paviršinė takoskyra yra formali (paviršinio baseino plotas – 19,4 km², o požeminio baseino 47,3 km².
Vietomis itin sudėtinga ir viso Mūšos baseino takoskyra, ypač vakarinėje dalyje, tarp Mūšos ir Dubysos baseinų. Antai Kulpės, Mūšos dešiniojo intako, ištekančio iš Talkšos ežero, hidrografinės versmės yra Rėkyvos ežere, todėl pastarąjų maitinantis baseinas priskiriamas Mūšai, nors yra žinoma, kad dalis vandens nuteka į Dubysos ir Nevėžio baseinus. Be to, Kulpė savo kairiuoju intaku Vijole ir Švendreliu bei Ringuva susisiekia su Dubysos aukštupyje išsiliejusiu Bubių tvenkiniu. Kadangi į Dubysą iš šio tvenkinio išleidžiamas tik sanitarinis (minimalus) debitas, visas baseino plotas priskiriamas Ringuvai (Mūšos baseinui). Nelabai aiški takoskyra ir rytinėje baseino dalyje, kur Lėvens-Nemunėlio-Šetekšnos tarpupyje kūpso Notigalės
aukštapelkė. Pastaroji formaliai priskiriama Nemunėlio baseinui, tačiau šiek tiek vandens drenuoja ir gretimų upių aukštupiai. Ir, pagaliau, yra antropogeninės kilmės sąsaja tarp Lėvens ir Nevėžio baseinų – minėtas Sanžilės kanalas, kuriuo vidutiniškai per metus nuteka 3,2 m³/s, o per potvynius – iki 70 m³/s vandens.
Mūšos baseino lietuviška dalis hidrologiškai neblogai ištirta. Dabar Mūšos ir jos intakų nuotėkį matuoja 8 vandens matavimo stotys - Ustukių vandens matavimo stotis prie Mūšos (veikia nuo 1957, baseino plotas 2 180 km²), prie Lėvens ir Sanžilės kanalo – Bernatonių vandens matavimo stotis (1930 m., 1 130 km²), prie Tatulos – Trečionių vandens matavimo stotis (1961 m. su pertrauka, 463 km²) bei Likėnų (1994 m, 47 km²) prie Smardonės. Pastaraisiais metais įsteigtos 4 naujas stotis: Žilpamūšio (2000 m.) prie Mūšos, Rimšonių (2005 m.) prie Mūšos intako Daugyvenės, Kupiškio (2005 m.,) prie Lėvens ir Žadeikių (2005 m.) prie Pyvesos. 1997 m. pradėjo veikti nauja Likėnų (gydyklos) vandens matavimo stotis prie Verdenės.
Metų nuotėkio hidromodulių erdvinė variacija Mūšos baseine palyginti nedidelė – nuo 4,6 iki 5,9 l s/km², o didžiojoje baseino dalyje – nuo 5,6 iki 5,9 l s/km². Mažiausias santykinis vandeningumas yra Mūšos iki Lėvens (4,6 l s/km² ), tai galima paaiškinti mažesniu kritulių kiekiu, įsiliejus Lėveniui, Pyvesai ir Tatulai (šios baseino dalies M=5,8 l s/km²), jis vėlgi nedaug padidėja ir ties Raudonpamūšiu siekia 5 l s/km²). Šis fenomenas sietinas su nuotėkio nuostoliais, kuriuos Mūša patiria kirsdama aktyvaus karsto zoną. Mūšos nuostoliai siekia apie 0,57 l s/km². Taigi 5 l s/km² hidromodulis ties Raudonpamūšio vandens matavimo stotimi yra, matyt, realus ir reprezentuoja viso Mūšos baseino nuotėkį. Upės vidutinis metų debitas ties Lietuvos-Latvijos siena būtų apie 23 m³/s (įvertinus ir Nevėžiui atiduodamą Lėvens nuotėkio dalį).
Mūšos baseino nuotėkis natūraliu būdu menkai sureguliuotas (φ=0,46), ypač aukštupio (φ=0,35). Šiek tiek geriau sureguliuotas nuotėkis Lėvens, drenuojančio Žaliosios girios smėlynus (φ=0,54). Požeminio vandens dalis pastarosios upės nuotėkyje siekia 20 % , o Mūšos aukštupyje nuotėkio – tik 11 %. Mūšos metų nuotėkio didžiausią dalį sudaro sniego tirpsmo vanduo (apie 50 %). Pastebėta, kad pastarojo mitybos santykinis svoris sumažėja karstinį rajoną drenuojančių upių.
Baseino hidrogeologinių sąlygų mozaiką ypač gerai atspindi minimalus paros nuotėkis; itin sausą vasarą (90 % garantijos) santykinai vandeningiausios yra karstinio rajono upės, ypač Tatula ties Trečionių vandens matavimo stotimi (M=0,78 l s/km²). Lėvens aukštupyje (Kupiškio vandens matavimo stotis) sausmečio minimumo hidromodulis yra tik 0,10 l s/km², tačiau upei perkirtus požeminių vandenų prisotintą senovinę deltą, jis padidėja iki 0,25 l s/km², o giliau įsirėžusiame žemupyje – net iki 0,31 l s/km². Mūšoje tos pačios garantijos minimalaus nuotėkio hidromoduliai kinta nuo 0,10 l s/km² aukštupyje ir vidurupyje iki 0,13 l s/km² žemupyje (ties Raudonpamūšiu).
Daugelyje Lietuvos upių mažiausias nuotėkis yra vasaros-rudens sausmečiu. Ne išimtis ir Mūšos baseinas, išskyrus sukarstėjusią jo dalį. Antai Tatuloje ties Trečionimis 90% garantijos šiltojo laikotarpio minimalaus paros nuotėkio hidromodulis yra dvigubai, Daudžgiriais – trigubai didesnis už analogišką šaltojo laikotarpio rodiklį. 
Mūšos baseino ežeringumas siekia vos 0,5 %, tačiau jame yra ganėtinai didelių ežerų, iš kurių didžiausias – Rėkyvos ežeras (plotas 11,7 km², didžiausias gylis 4,5 m). Rėkyvos ežeras yra prieledyninio baseino liekana. Holoceno pradžioje ežero plotas buvo apie 24 km². Kadangi ežeras buvo seklus, jo pakraščius greitai užkariavo vandens ir pelkių augalai, iš kurių klostėsi durpės. Plečiantis pelkei, ežero plotas mažėjo, ir atlančio pabaigoje jo plotas siekė tik 8 km². Kita vertus, ugant pelkei, kilo ir ežero vandens lygis, ypač sumažėjus nuotėkiui per užpelkėjusį Šiaušės upelį. Prasidėjo Rėkyvos ežero transgresija, dėl kurios iš pelkės atkariautas 3,2 km² plotas. Ežero vandens lygis nuo užpraeito šimtmečio pabaigos iki 1956 m. pakilo 2,4 m, ir per šį laikotarpį buvo nuardyta 4,2 km² durpių, kurios pasklido po visą ežerą. Yra ir priešinga nuomonė, pasak kurios Rėkyvos ežero vandens lygis per
minėtą laikotarpį ir vėlesniais metais krito. Manoma, kad tai lėmė žmogaus ūkinė veikla apyežeryje - 1910 m. į šiaurės rytus nuo Rėkyvos ežero buvo iškastas sausinimo griovys į Beržės upelį (Nevėžio baseino) – vadinamasis Banko kanalas, o prieš Antrąjį pasaulinį karą iškastu kanalu ežero vanduo pradėtas tiekti Šiaulių miestui ir Vilkurių žuvininkystės tvenkiniams.
Be Rėkyvos ežero, Kulpės baseine dar plyti Talkšos (baseino plotas - 0,52 km²) ir Ginkūnų (0,16 km²) ežerai. Didokų ežerų yra Lėvens baseine: Suosa ir Viešintas (abiejų plotai – po 1,98 km²), Mituva (0,38 km²), Pukiškis (0,28 km²) ir kt. Iš viso lietuviškoje baseino dalyje telkšo 38 ežerai, didesni kaip 0,5 ha. Į šį skaičių nepatenka mažyčiai karstiniai ežerėliai, kurių daugiausia Tatulos baseine ir Tatulos-Apaščios tarpupyje. Kai kurie jų yra kolmatuoti ir hidrauliškai nesusiję su požeminiais vandenimis, kiti, priešingai, yra susiję, todėl jų vandens lygis svyruoja sinchroniškai su požeminio vandens lygiu. Didžiausio karstinio ežero – Kirkilų – plotas siekia 3,9 ha, jo vandens svyravimo daugiametė amplitudė – apie 2,4 m. Kirkilų ežere veikė Lietuvos HMT vandens matavimo stotis (nuo 1994 m. iki 2000 m.).
Prie Mūšos ir jos intakų būta daug vandens malūnų. Išliko tik keli, tarp jų – senas (statytas 1895 m.) Pasvalio malūnas prie Lėvens. Dabar Mūšos baseine yra 23 tvenkiniai, kurių užtvankos (vandens slėgis) yra 3 m ir aukštesnės. Didžiausias tvenkinys (8,3 km²) išsiliejo iš Lėvens aukščiau Kupiškio, 1986 m. pertvėrus upės vagą 11 m aukščio užtvanka. Mūšoje, žemiau Daugyvenės žiočių, įrengti Dvariūkų ir Švobiškio tvenkiniai (užtvankų aukštis siekia atitinkamai 6,5 m ir 3 m); pirmajame jų sukaupto vandens potencinė galia yra 640 kW, antrajame, esančiame žemiau, galia perpus mažesnė (1950-1953 m. čia veikė 80 kW galios Švobiškio HE). Yra ir patvenktų ežerų, iš kurių didžiausias (2,9 km²) – Arimaičių ežeras-tvenkinys (Daugyvenės baseinas).
Pelkėms tenka apie 5 % Mūšos baseino ploto. Didžiausi pelkynai plyti upių takoskyrose, tad jų priskyrimas Mūšos baseinui yra sąlygiškas. Itin didelis (34 km²) pelkių kompleksas supa Rėkyvos ežerą: vakaruose – Lieporių ir Aukštelkės, pietuose – Rėkyvos ir Karpiškių, šiaurėje – Piktmiškio ir Pabalių aukštapelkės. Atrodo, kad pelkės susidarė seklių autonomiškių ežerų vietose, nes tarp dabartinių Karpiškių ir Rėkyvos bei Rėkyvos ir Aukštelkės masyvų yra mineralinio grunto pakilimų iki 2 m aukščio, o tarp Aukštelkės ir Lieporių – net iki 5 m aukščio. Aukštapelkėse susidarė stori durpių klodai: Rėkyvoje – 9, 5 m, Aukštelkėje ir Piktmiškio pelkėje – 8 m, Lieporių pelkėje – apie 6 m. Rėkyvos pelkinio komplekso natūralią raidą sutrikdė žmogaus ūkinė veikla. 1871 m. per Pabalių aukštapelkės vidurį nutiesiamas Radviliškio-Šiaulių geležinkelis, pradedama eksploatuoti prie Šiaulių esančius durpynus. 1922 m. pastačius pirmąją Rėkyvos šiluminę elektrinę, sausinamos ir eksploatuojamos Piktmiškio ir Karpiškių pelkės. Tarpukaryje per Piktmiškio ir Pabalių aukštapelkes iškasami Kulpės ir Banko kanalai, o 1962 m. nusausinama Lieporių pelkė. 1964 m. pradedama eksploatuoti durpes
Rėkyvos aukštapelkėje. Dabar geriausia yra Aukštelkės pelkės būklė, nors ją taip pat juosia sausinimo kanalai.
Apie 15 km į pietus nuo Žagarės plyti Mūšos Tyrelio aukštapelkė (plotas - 25 km²). Šiaurinį jos pakraštį drenuoja Švėtės dešinysis intakas Juodupis, o pietinį – Mūša. Pelkė susidarė seklaus ežero vietoje, nes po durpėmis (klodas iki 10 m) slūgso sapropeliai, o jos viduryje iki šiol yra Miknaičių ežerėlis  (5,7 ha).
Lėvens-Jaros tarpupyje kūpso aukštokai išgaubtos – klasikinės Notigalės (plotas - 8 km²) ir Kepurinės (5 km²) aukštapelkės, o apie 5 km į pietus nuo Kupiškio – Šepetos pelkė (16,5 km²). Pastaroji susidarė supelkėjus sekliems ežerėliams ir juos supusiai sausumai. Šepetos aukštapelkė yra vėlyvosios raidos stadijos, labai išsigaubusi (vidurys iškilęs 5 m aukščiau pakraščių, durpių klodo didžiausias storis – apie 7 m), nusėta ežerokšnių (Ilgis, Kirvinis ir kitais). 1940 m. durpes pradėjo eksploatuoti Šepetos durpių kraiko gamykla, todėl pelkė labai nukentėjo. Užtat Notigalės pelkei pasisekė, nes 1974 m. buvo paskelbta botaniniu draustiniu spanguolynu, o 1992 m. – kraštovaizdžio draustiniu. Plynraistinė aukštapelkė yra ežerinės kilmės, po durpėmis (klodo storis iki 7,4 m) slūgso sapropeliai; yra 7 ežerėliai, iš kurių didžiausias (0,91 km²) – Notigalė. Kepurinės raistinėje aukštapelkėje durpių klodas siekia net 9 m; pelkė taip turi ,,savą“ Kepurinio ežerėlį (1,7 ha).
Labai specifiškas Mūšos baseino upių hidrocheminis režimas. Pavyzdžiui, pavasarį visose upėse vandens mineralizacija dažniausia yra mažesnė kaip 200 mg/l, tačiau nuosėkiu Mūšos vidurupyje ji padidėja iki 1000-1200 mg/l, Lėvens žemupyje – iki 900-1000 mg/l, o Tatuloje – net iki 1700-2000 mg/l, be to, vandenyje yra daug sulfatų. Šitai lemia į upes išsiliejantys Įstro-Tatulos horizonto požeminiai arba su jais susiję gruntiniai vandenys, tirpinantys arti paviršiaus slūgsančias pagrindines uolienas. Įstro-Tatulos horizonto požeminiai vandenys dažniausia yra mineralizuoti (iki 2,4 g/l), labai kieti (bendrasis kietumas iki 35 mg ekv/l), kalcio sulfatiniai, nors pasitaiko ir hidrokarbonatinių vandenų, kurių mineralizacija neviršija 1 g/l. Vandeningas horizontas menkai apsaugotas nuo antropogeninės taršos, todėl jo vandenų permanganatinė oksidacija siekia 13 mg O2/l. Tačiau baseino požeminius ir ypač paviršinius vandenis teršia ne tik žemės ūkis, bet ir miestų bei gyvenviečių nuotekos. Antai dar aukštupyje į Mūšą suplaukia Šiaulių, Radviliškio ir Pakruojo nutekamieji vandenys, o vidurupyje laukia Kupiškio ir Pasvalio miestų bei mažesnių gyvenviečių nuotekos, todėl upė palieka Lietuvą ganėtinai užteršta. Mūšos baseine vyrauja agrarinis kraštovaizdis, tačiau yra ir ypatingai svarbių gamtosaugai teritorijų. Be minėtųjų Mūšos Tyrelio ir Notigalės kraštovaizdžio draustinių, analogiški draustiniai įsteigti prie Daugyvenės ir Lėvens; senovinę deltą kertanti Pyvesos atkarpa tapo hidrografiniu draustiniu. Išskirtiniai yra geologiniai draustiniai, kur saugomos unikalios smegduobės: ežeringas Kirkilų draustinis Tatulos–Apaščios takoskyroje, į pietus nuo jo – Karajimiškio draustinis su garsiaja požemine Karvės ola ir Kirdonių-Tatulos draustinis kairiajame Tatulos krante.

NEMUNĖLIO PABASEINIS

Dešiniosios Lielupės šakos – Nemunėlio ilgis yra 199 km, baseino plotas – 4 047 km². Lietuvai tenka tik Nemunėlio aukštupys (80 km); analogiško ilgio vidurupis – pasienio ruožas, o 40 km žemupys vingiuoja Latvijoje. Lietuvoje upė surenka vandenis iš 1 892 km², t. y. mūsų krašte plyti apie 47 % jos baseino ploto. Didžiausi Nemunėlio intakai Lietuvoje yra Apaščia (ilgis 91 km, baseino plotas 894 km²), Vyžuona (34 km, 321 km²), Vingerinė (23 km, 125 km²), Nereta (25 km, 89 km²) ir Laukupė (24 km, 60 km²).

Nemunėlis išteka iš į pietus nuo Rokiškio telkšančio Lūšnos ežerėlio (8 ha), jo versmės yra Vakarų Aukštaičių plynaukštėje, išraižytoje buvusių limnoglacialinių baseinų protakų, intakų, senslėnių. Savo vagą upė tiesė įvairiomis reliktinėmis formomis, pavyzdžiui Jaros-Šetekšnos senslėniu (iš pietų į šiaurę orientuota Nemunėlio aukštupio atkarpa), taip pat senslėnio atkarpa ties Panemuniu, kuria kadaise tekėjo vandeningas Čedasų-Salų prieledyninio ežero intakas. Vyžuona aukštupyje teka analogiškos kilmės plačiu (1 km pločio) Juodupės-Vyžuonos senslėniu. Šiaurvakarų krypties tiesiausia Nemunėlio atkarpa kerta stambiai banguotą lygumą, kurią suformavo Nemunėlio vidurupio ledyninė plaštaka, palikusi kraštinių morenų Papilio ir Pandėlioapylinkėse. Ties Totorkalniu (Tabokine) upė apjuosia Mūšos-Lėvens ledyninės plaštakos paliktas šonines morenas (Totorkalnio kilpa), suka į pietvakarius ir patenka į Žiemgalos lygumą. Šioje atkarpoje Nemunėlio slėnis gilus, su terasų laiptais, o krantų atodangose atsidengia net trijų devono sistemos svitų – tatulos, įstro ir pamūšio – uolienos (dolomitai, mergeliai, moliai, dedolomitai ir kiti). Tose vietose, kur šių uolienų sluoksniai įlinkę, upės vaga gili, tėkmė yra rami ir, priešingai, kur dugne kietos uolienos, upė  srauni, slenkstėta, sekli. Nemunėlio ruožas tarp Tabokinės kaimo ir Apaščios žiočių – geologinis Nemunėlio-Apaščios draustinis.
Nemunėlio baseino Kilučių-Vabalninko ruože atsidengia apatinis gipsingas horizontas, tačiau jis patekęs į ledyno plaštakos kraštinių darinių zoną, buvo užklotas storoka morenine danga, todėl aktyvių karstinių procesų paviršiuje nematyti. Kita vertus, pastarųjų pasekmių – sausų, ežeringų arba užpelkėjusių smegduobių galima pamatyti Tatulos-Apaščios takoskyroje, o vietomis ir dešiniajame Apaščios krante, kur arti žemės paviršiaus slūgso aukštesnis gipsingas horizontas.
Dabar Nemunėlio baseine veikia 2 hidrologijos stotys: prie Nemunėlio – Tabokinės (veikia nuo 1944 m.,baseino plotas - 2 690 km²) ir Kvetkų (veikia nuo 2005 m.). Dar neseniai veikė vandens matavimo stotis prie Agluonos – Dirvonakių (veikė 1959-1999 m., 63 km²) ir prie Kirkilų ežero – Kirkilų (veikė nuo 1994 m. iki 2000 m.). Šis ežeras yra Apaščios-Tatulos takoskyroje, tačiau jo paviršinis nuotėkis patenka į Apaščią.
Vidutinio metų nuotėkio hidromoduliai įvairiose Nemunėlio baseino dalyse kinta nuo 5,8 l s/km2 (Apaščia, Šimpeliškių vandens matavimo stotis) iki 9,2 l s/km² (Vyžuona, Naujasodės vandens matavimo stotis). Didžiausio nuotėkio anomaliją Vyžuonos baseine galima iš dalies paaiškinti didesniu kritulių kiekiu (per metus apie 750 mm) ir galbūt vandens prietaka iš ,,papildomo“ požeminio baseino. Sunkiau paaiškinti anomališkai mažą nuotėkį Apaščioje aukščiau Širvėnos ežero. Mažesnis kritulių kiekis (apie 700 mm per metus), baseine vyrauja vidutinio sunkumo priemoliai (92 % baseino paviršiaus) – šie veiksniai, žinoma, gali lemti šiek tiek mažesnį nuotėkį, bet, analogiškų veiksnių veikiamas Agluonos hidromodulis yra daug didesnis ir siekia 6,7 l s/km². Atkrinta ir dar viena priežastis – karstas,  Apaščia išskirtiniuose karstiniuose poligonuose nuotėkio nepraranda, priešingai, jis net šiek tiek padidėja. Taigi galima manyti, kad nuotėkio anomalija yra subjektyvumo pasekmė, susijusi su prasta nuotėkio duomenų kokybe arba netinkamu laikotarpiu, kuriam apskaičiuojama hidromodulio norma.

Paties Nemunėlio vidutinio metų nuotėkio hidromodulis ties Rimšių vandens matavimo stotimi yra 6,8 l s/km², o ties Tabokinės vandens matavimo stotimi – 7,2 l s/km². Skaičiuojant baseino Lietuvoje dalies nuotėkį, tikslinga, matyt, naudotis šių reikšmių vidurkiu (7 l s/km²). Lietuvoje (1892 km²) surenkamas Nemunėlio vidutinis debitas būtų 13,2 m³/s. Žinoma, upei pasukus į Latviją, jos realus debitas būtų daug didesnis (prisideda dešiniakrančių pasienio ruožo intakų nuotėkis) ir siektų apie 27 m³/s. Ties Tabokinės vandens matavimo stotimi Nemunėlis 45 % metinio nuotėkio sudaro sniego tirpsmo, 37 % – lietaus ir 18 % – požeminiai vandenys. Didžiausi potvyniai dažniausi pavasarį: didžiausi debitai (Tabokinės vandens matavimo stoties skersainyje) siekia vidutiniškai 264 m³/s, o per itin didelius potvynius (1 % garantijos) – net 790 m³/s. Per tris pavasario mėnesius nuteka 49 %, vasaros-rudens laikotarpiu – 31 % ir žiemą – 20 % metinio nuotėkio kiekio. Itin sausą vasarą Nemunėlio mažiausio paros nuotėkio hidromoduliai (90 % garantijos)  nuo aukštupio žemupio link mažėja ir yra 0,58 l s/km² ties Panemuniu (baseino plotas 360 km²), 0,54 l
s/km², ties Rimšiais (774 km²) ir 0,45 l s/km² ties Tabokine (2 690 km²). Tąsyk mažiausias debitas paskutiniame skersainyje siekia tik 1,2 m³/s. Mažuose baseinuose mažiausio nuotėkio įvairovė dar didesnė.

Biržų vandens matavimo stotyje buvo stebimi Širvėnos ežero vandens lygio svyravimai. Kadangi ežerą maitinančio baseino plotas beveik 120 kartų didesnis už paties ežero plotą, galima tikėtis itin didelės vandens lygio svyravimo amplitudės. Išties, pagal stebėjimų duomenis, vidutiniškai per metus ji siekia 1,37 m, o itin vandeningais metais – net 1,81 m. Kita vertus, vandens lygio svyravimas Širvėnos ežere priklauso ir nuo užtvankos reguliavimo režimo, todėl minėtieji vertinimai yra labai apytiksliai.

Nemunėlio baseino ežeringumas Lietuvoje – tik 0,4 %. Iš viso yra apie 40 ežerų, didesnių kaip 0,5 ha, tačiau jų bendras plotas – tik 8,4 km². Didžiausias yra Širvėnos ežeras (plotas 3,4 km², vandens tūris 6,7 mln. m³), kiti, kurių daugiausia telkšo Nemunėlio ir Vyžuonos aukštupiuose, yra kur kas mažesni (pavyzdžiui, Čedaso ežeras, kurio plotas – 0,49 km²). Beje, ir Širvėna labiau priskirtina prie tvenkinių nei prie ežerų, nes atsirado apie 1580 m., patvenkus Apaščią ir jos intaką Agluoną. Tvenkinio vandenį naudojo Astravo dvaro vandens malūnai. Pastarieji buvo kelis kartus perstatyti, paskutinį kartą – 1867 m. Manoma, kad Širvėnos ežero-tvenkinio dubuo, ar bent jau didesnė jo dalis yra karstinės kilmės. Senas tvenkinys (įrengtas 1870 m., plotas 8 ha, vandens tūris 0,36 mln. m³) telkšo Juodupės (Vyžuonos dešiniojo intako) slėnyje; kurį laiką prie jo veikė Juodupės HE. Prie Žiobiškio tvenkinio, įrengto Vingerinės slėnyje, 1994 m. buvo pastatyta naujo tipo 15 kW galios mikroelektrinė (3 hidroagregatai po 5 kW). Laukupėje ties Rokiškiu išsiliejo tvenkinių virtinė (bendras plotas 0,36 km², vandens tūris 0,63 mln. m³). Iš viso Nemunėlio baseine yra 7 tvenkiniai, kurių užtvankos aukštesnės kaip 3 m, tarp jų – Širvėnos ir Kilučių ežerai-tvenkiniai. Nemunėlio vagos nuolydis nemažas (vidutinis – 0,7 m/km, o pasienio ruože – iki 1,2 m/km), tačiau vandens malūnai jam nebuvo būdingi: 1938 m. S.Kolupaila jų rado penkis. Malūnų užtvankos seniai sugriuvo, liko tik kitiems tikslams naudojami
pastatai (Alsėtos, Kvetkų, Pūtelių vandens malūnų).

LIELUPĖS MAŽŲJŲ INTAKŲ PABASEINIS

Upelių, įtekančių į tikrąją Lielupę (žemiau Bauskės), baseinų plotas siekia 1 750 km². Visi jie – kairieji Lielupės intakai, plačiai vėduokliškai pasklidę po Žiemgalos lygumą, kuri driekiasi nuo Linkuvos moreninio kalvagūbrio Lietuvoje iki senųjų Baltijos leduotojo ežero krantų į pietus nuo Jelgavos Latvijoje. Priemolingą lygumą formavo ledyno plaštaka, atšliaužusi nuo Rygos įlankos ir palikusi šiaurės Lietuvoje ilgą lanko pavidalo kalvabūbrį, kuris driekiasi nuo kairiojoMūšos kranto beveik iki Apaščios-Nemunėlio santakos . Šį kalvagūbrį kerta tik Švėtė (ilgis Lietuvoje, įskaitant ir pasienio ruožą, 50 km, baseino plotas 483 km²), o kiti lietuviški Lielupės intakai mezgasi jo šiaurinėje papėdėje. Tai Platonis (ilgis Lietuvoje 26 km, baseino plotas 260 km²), Virčiuvis (ilgis Lietuvoje 35 km, baseino plotas 289 km²), Šešėvė (ilgis Lietuvoje 14 km, baseino plotas 58 km²), Švitinys (ilgis Lietuvoje, įskaitant ir pasienio ruožą, 29 km, baseino plotas 256 km²) ir Yslikis (ilgis Lietuvoje 20 km, baseino plotas 404 km²). Upeliai lėti, jų vagos beveik ištisai sureguliuotos, vidutinis nuolydis kinta nuo 0.66 m/km (Yslikio) iki 1,76 m/km (Platonio). Ežerų šioje Lielupės baseino dalyje išvis nėra, jei neskaityti neaiškios kilmės Žvelgaičio tvenkinio-ežerėlio (0,27 km²), telkšančio Švėtės slėnyje netoli Lietuvos-Latvijos sienos. Daugiausia tvenkinių yra Platonio baseine, tarp jų – Buivydžių (0,25 km², 0,38 mln. m³), Joniškio (0,10 km², 0,18 mln. m³), Vilkiaušės (0,08 km², 0,16 mln. m³). Nedidelių tvenkinių yra ir Švėtės baseine (Kamojų tv. – 0,14 km², 0,15 mln. m³, Rukuilių tv. – 0,05 km², 0,075 mln. m³); beje, prie Švėtės yra bene seniausias Lietuvoje Žagarės vandens malūnas, statytas 1760 m.

Aptariamoje teritorijoje, kurią drenuoja kairieji Lielupės intakai, per metus iškrinta apie 600 mm kritulių (Lietuvos minimumas). Suminis garavimas yra taip pat nedidelis (apie 450 mm), tačiau nuotėkiui lieka tik 25 % metų kritulių (η=0,25). Kadangi pastarųjų absoliutus kiekis mažas, galima tikėtis, kad baseino santykinis vandeningumas bus itin mažas. Daugiausia informacijos apie upelių nuotėkį sukaupusios dvi vandens matavimo stotys – Kyburių prie Ysliko (baseino plotas - 74 km², veikia nuo 1935 m.) ir Minčaičių prie Švėtės (222 km², veikė nuo 1950 m. iki 1959 m.). Be to, 1996 m. įsteigta Joniškio vandens matavimo stotis prie Sidabros (Platonio intako). Dvi naujos vandens matavimo stotys pradėjo veikti 2005 m.: Vaineikių prie Platonio ir Šarkių prie Sidabros. Pagal Minčaičių vandens matavimo stoties duomenis, metų nuotėkio hidromodulis Švėtės baseine yra 5,4 l s/km², o menkai paviršiuje įsirėžusiame Ysliko aukštupyje – tik 4,5 l s/km². Apskaičiuojant visų lietuviškų Lielupės intakų išplukdomą vandens kiekį, reikėtų, matyt, naudoti pirmąją hidromodulio reikšmę, apibūdinančią didesnio baseino (kaip Platonio ir Virčiuvio upelių) vandeningumą. Visų upelių suminis debitas (vidutinis metų) pasienyje siekia apie 9,5 m³/s, t. y. per metus į Latviją išplaukia 0,3 km³ vandens. Daugiau kaip pusė (53 %) metų nuotėkio tūrio nuteka per 3 pavasario mėnesius, 25 % – vasarą-rudenį ir 22 % – žiemą. Jau iš šių skaičių galima spręsti, kad upeliai itin nusenka vasarą, nes pagrindines uolienas dengiančioje dugninėje morenoje, į kurią jie yra įsigraužę, beveik nėra požeminio vandens sluoksnių. Vidutinis hidromodulis vasaros nuosėkiu (30 parų minimalaus nuotėkio) yra mažesnis kaip 0,5 l s/km², ir mažesni upeliai išvis išdžiūva.