Agluona (Minijos baseinas, Minijos intakas;  Agluonėnų, Priekulės seniūnijos)

Agluona (Jūros baseinas, Šešuvio intakas; Tauragės rajonas, Tauragės seniūnija)

Agluona (Ventos baseinas, Vadaksties intakas; Akmenės rajonas, Akmenės seniūnija)

Aiseta (Žeimenos baseinas, Kiauno ež. intakas; Molėtų rajonas, Čiulėnų seniūnija)

Aisė (Minijos baseinas, Veiviržo intakas; Klaipėdos rajonas, Saugų seniūnija)

Aitra (Jūros baseinas, Jūros intakas; Rietavo, Kvėdarnos seniūnijos)

Akmena (Jūros baseinas, Jūros intakas; Šilalės, Mažonų seniūnijos)

Akmena - Danė (Baltijos jūros intakas; Kretingos, Kretingalės, Sendvario seniūnijos)

Aknysta (Šventosios baseinas, Šventosios intakas; Anykščių rajonas, Debeikių seniūnija)

Alantas (Minijos baseinas, Minijos intakas; Kretingos rajonas; Kartenos seniūnija )

Almaja (Žeimenos baseinas, Srovės intakas; Aukštaitijos nacionalinis parkas)

Alovė (Nemuno baseinas, Nemuno intakas; Alytaus rajonas, Alovės seniūnija)

Alšia (Nemuno baseinas, Verknės intakas; Nemaitonių, Stakliškių seniūnijos)

Ančia (Jūros baseinas, Šešuvio intakas; Skaudvilės, Batakių seniūnijos)

Anykšta (Šventosios baseinas, Šventosios intakas; Anykščių rajonas, Anykščių seniūnija)

Apaščia (Lielupės baseinas, Nemunėlio intakas; Parovėjos, Nemunėlio Radviliškio)

Apšė, Apša, Apše (Bartuvos baseinas ir intakas; Skuodo, Aleksandrijos seniūnijos)

Armona (Šventosios baseinas, Šventosios intakas; Ukmergės rj., Deltuvos seniūnija)

Aseka (Žeimenos baseinas, Linkmeno ež. intakas; Aukštaitijos nacionalinis parkas)

Ašva (Minijos baseinas, Veiviržo intakas; Šilutės rajonas, Švėkšnos seniūnija)

Ašva (Ventos baseinas, Vadaksties intakas; Mažeikių rajonas, Reivyčių seniūnija)

Aunuva (Ventos baseinas, Ventos intakas; Kelmės rajonas, Šaukėnų seniūnija)