Lakaja (Žeimenos baseinas, Žeimenos intakas, Molėtų, Švenčionių rajonai, Inturkės, Labanoro, Švenčionėlių seniūnijos)

Lankesa (Nevėžio baseinas, Obelies intakas, Jonavos, Kėdainių rajonai, Žeimių, Pelėdnagių seniūnijos)

Lapišė (Dubysos baseinas, Dubysos intakas, Kelmės, Raseinių rajonai, Tytuvėnų, Šiluvos seniūnijos)

Laukesa, Laucesa, Avilė, Nikajas (Dauguvos baseinas, Dauguvos intakas, Zarasų rajonas, Zarasų seniūnija)

Laukysta (Neries baseinas, Neries intakas, Kaišiadorių rajonas, Žaslių seniūnija)

Leitė (Nemuno baseinas, Nemuno intakas, Šilutės rajonas, Usėnų, Juknaičių seniūnijos)

Letausas (Jūros baseinas, Jūros intakas, Rietavo rajonas, Rietavo seniūnija)

Lėvuo (Lielupės baseinas, Mūšos intakas, Kupiškio, Panevėžio, Pasvalio rajonai)

Liaudė (Nevėžio baseinas, Nevėžio intakas, Panevėžio rajonas, Krekenavos seniūnija)

Ligaja, Ilgė (Šventosios baseinas, Antalieptės marių intakas, Zarasų rajonas, Degučių, Salako seniūnijos)

Linkava (Nevėžio baseinas, Nevėžio intakas, Panevėžio rajonas, Krekenavos seniūnija)

Lokys (Neries baseinas, Neries intakas)

Lokysta (Jūros baseinas, Jūros intakas, Jonavos rajonas, Šilų seniūnija)

Lomena (Neries baseinas, Neries intakas, Kaišiadorių rajonas, Palomenės seniūnija)

Lukna (Merkio baseinas, Merkio intakas, Trakų, Varėnos rajonai, Paluknio, Valkininkų seniūnijos)

Luknė (Dubysos baseinas, Dubysos intakas, Raseinių rajonas, Pagojukų, Betygalos seniūnijos)

Luoba (Bartuvos baseinas, Bartuvos intakas, Skuodo rajonas, Ylakių, Aleksandrijos, Skuodo seniūnijos)

Lūšis, Losis (Ventos baseinas, Ventos intakas, Mažeikių rajonas, Židikų seniūnija)