Šalčia (Merkio baseinas, Merkio intakas, Šalčininkų, Varėnos rajonai, Gerviškių, Pabarės, Valkininkų seniūnijos)

Šalpė (Minijos baseinas, Veiviržo intakas, Klaipėdos rajonas, Veiviržėnų seniūnijos)

Šaltuona (Jūros baseinas, Šešuvies intakas, Jurbarko rajonas, Šimkaičių, Girdžių, Eržvilko seniūnijos)

Šašuola (Šventosios baseinas, Siesarties intakas, Ukmergės rajonas, Šešuolių, Lyduokių seniūnijos)

Šata (Bartuvos baseinas, Luobos intakas, Skuodo rajonas, Šačių, Skuodo seniūnijos)

Šeimena (Šešupės baseinas, Senaširvintės intakas, Vilkaviškio rajonas, Vilkaviškio, Šeimenos, Kybartų seniūnijos)

Šerkšnė (Ventos baseinas, Ventos intakas, Mažeikių rajonas, Šerkšnėnų, Mažeikių seniūnijos)

Šešupė (Nemuno baseinas, Nemuno intakas, Kalvarijos, Marijampolės, Vilkaviškio, Kazlų Rūdos, Šakių rajonai)

Šešuva (Neries baseinas, Neries intakas, Kauno rajonas, Karmėlavos seniūnija)

Šešuvis (Jūros baseinas, Jūros intakas, Raseinių, Jurbarko, Tauragės rajonai)

Šiaušė (Dubysos baseinas, Dubysos intakas, Šiaukių, Kelmės rajonai, Bubių, Tytuvėnų seniūnijos)

Šimša (Dubysos baseinas, Gauštvinio ež. intakas, Šiaulių, Radviliškio rajonai, Tyrulių, Šiaulių kaimiškoji seniūnijos)

Širvinta (Šešupės baseinas, Šeimenos intakas, Vilkaviškio rajonas, Gražiškių, Bartninkų, Šeimenos seniūnijos)

Širvinta (Šventosios baseinas, Šventosios intakas, Širvintų, Ukmergės, Jonavos rajonai, Alionių, Zibalų, Širvintų, Musninkų, Gelvonų, Veprių, Upninkų seniūnijos)

Šyša (Nemuno baseinas, Atmatos intakas, Šilutės rajonas, Šilutės seniūnija)

Šunija (Jūros baseinas, Jūros intakas, Tauragės rajonas, Mažonų seniūnija)

Šuoja (Nevėžio baseinas, Kiršino intakas, Panevėžio rajonas, Naujamiesčio seniūnija)

Šustis (Nemuno baseinas, Šyšos intakas, Šilutės rajonas, Žemaičių Naumiesčio, Šilutės seniūnijos)

Šušvė (Nevėžio baseinas, Nevėžio intakas, Radviliškio, Kėdainių rajonai)

Šventoji (Neries baseinas, Neries intakas, Zarasų, Utenos, Anykščių, Ukmergės, Jonavos rajonai)

Šventoji, Sventāja (Baltijos jūros intakas, Kretingos rajonas, Darbėnų seniūnija, Palangos miestas)

Švogina (Žeimenos baseinas, Dringio ež. intakas, Ignalinos rajonas, Ignalinos seniūnija)