Saidė (Neries baseinas, Neries intakas, Trakų rajonas, Lentvario rajonas)

Salantas (Minijos baseinas, Minijos intakas, Kretingos rajonas, Salantų, Kūlupėnų seniūnijos)

Sanžilės kanalas (Nevėžio baseinas, Nevėžio intakas, Panevėžio rajonas, Panevėžio seniūnija)

Saria (Žeimenos baseinas, Žeimenos intakas, Švenčionių rajonas, Sarių, Pabradės seniūnijos)

Sausdravas (Minijos baseinas, Minijos intakas, Plungės rajonas, Stalgėnų seniūnija)

Seira (Nemuno baseinas, Baltosios Ančios intakas, Druskininkų, Lazdijų rajonai, Leipalingio, Veisiejų seniūnijos)

Siesartis (Šešupės baseinas, Šešupės intakas, Šakių rajonas, Šakių, Slavikų seniūnijos)

Siesartis (Šventosios baseinas, Šventosios intakas, Molėtų, Ukmergės rajonai, Luokesos, Videniškių, Želvos, Šešuolių, Lyduokių, Žemaitkiemio seniūnijos)

Skroblus (Merkio baseinas, Merkio intakas, Varėnos rajonas, Marcinkonių, Merkinės seniūnijos)

Smilga (Nevėžio baseinas, Nevėžio intakas, Kėdainių rajonas, Kėdainių seniūnija)

Spengla (Merkio baseinas, Merkio intakas, Varėnos rajonas, Valkininkų seniūnija)

Spengla (Žeimenos baseinas, Dubingos intakas, Molėtų, Švenčionių rajonai, Joniškio, Pabradės seniūnijos)

Srovė (Žeimenos baseinas, Aseko ež. intakas, Ignalinos rajonas, Ignalinos seniūnija)

Sruoja (Ventos baseinas, Varduvos intakas, Telšių, Plungės, Mažeikių rajonai, Alsėdžių, Gadūnavo, Sedos seniūnijos)

Stirnė, Stirnelė (Žeimenos baseinas, Baltųjų Lakajų ež. intakas, Molėtų rajonas, Mindūnų seniūnija)

Strėva (Nemuno baseinas, Nemuno intakas, Trakų, Elektrėnų, Kaišiadorių rajonai)