Mera - Kūna (Žeimenos baseinas, Žeimenos intakas, Švenčionių rajonas, Pabradės seniūnija)

Merkys (Nemuno baseinas, Nemuno intakas, Varėnos rajonas, Valkininkų, Jakėnų, Matuizų, Varėnos, Marcinkonių, Merkinės seniūnijos)

Minčia (Žeimenos baseinas, Žeimenos aukštupys, Utenos, Ignalinos rajonai, Tauragnų, Ignalinos, Linkmenų seniūnijos)

Minija (Nemuno baseinas, Atmatos intakas, Rietavo, Plungės, Kretingos, Klaipėdos, Šilutės rajonai)

Mišupė (Minijos baseinas, Minijos intakas, Plungės, Kretingos rajonai, Šateikių, Kūlupėnų seniūnijos)

Mituva (Nemuno baseinas, Nemuno intakas, Jurbarko rajonas, Šimkaičių, Girdžių, Jurbarkų seniūnijos)

Musė (Neries baseinas, Neries intakas, Širvintų rajonas, Jauniūnų, Musninkų, Čiobiškio seniūnijos)

Mūša, Mūsa (Lielupės baseinas, Lielupės intakas, Joniškio, Pakruojo, Pasvalio  rajonai)

Mūšia (Šventosios baseinas, Šventosios intakas, Ukmergės rajonas, Vidiškių seniūnija)