Agluona (Šešuvies intakas)   Aitra (Jūros intakas)   Akmena (Jūros intakas)   Ančia (Šešuvies intakas)   Bebirva (Šaltuonos intakas)   Ežeruona (Jūros intakas)   Yžnė (Akmenos intakas)   Jūra (Nemuno intakas)   Letausas (Jūros intakas)   Lokysta (Jūros intakas)   Šaltuona (Šešuvies intakas)   Šešuvis (Jūros intakas)   Šunija (Jūros intakas)   Upė (Šešuvies intakas)

Jūros baseino plotas yra 3 994 km², jam tenka apie 4 % Nemuno baseino ploto. Jūros aukštupio ir vidurupio baseinų paviršių dengia vidutinio sunkumo priemoliai (apie 80 % baseino ploto), o žemupio link padaugėja sunkių priemolių ir molių dengiamų plotų. Kita vertus, yra ir smėlio salų (apie 10 % baseino ploto), susidariusių limnoglacialinių baseinų atabraduose ir intakų deltose. Ant jų auga pušynai (Viešvilės, Tauragės-Batakių ir kt.), o aukštupyje ir vidurupyje, priešingai, vyrauja mišrūs miškai ir eglynai (Rietavo, Pagramančio ir kt.). Baseino vidutinis miškingumas yra apie 17 %.

Jūros baseiną raižančių upių tinklo tankis yra 1,19 km/km². Šunijos (kairiojo intako) šis rodiklis siekia net 1,68 km/km², o Aitros (taip pat kairiojo intako) baseino – tik 0,81 km/km². Iš viso baseine yra 61 upė, ilgesnė kaip 10 km, 14 jų – tiesioginiai (pirmos eilės) Jūros intakai. Didžiausi (pagal ilgį ir baseino plotą) iš jų yra šie: Šešuvis (115 km, 1 916 km²), Akmena (71 km, 402 km²), Lokysta (46 km, 173 km²), Ežeruona (37 km, 186 km²), Šunija (35 km, 159 km2), Aitra (34 km, 220 km²).

Jūra – nenuosekli upė,  užuot tekėjusi vyraujančio nuolydžio kryptimi Pajūrio žemumos link, teka vakariniais Žemaičių aukštumos šlaitais, po to pasuka į Karšuvos žemumą ir pačiame žemupyje kerta Vilkyškių moreninį kalvagūbrį. Baseinas yra itin asimetriškas (kairiajam Jūros krantui tenka 85 % baseino ploto, Ks = 0,70), nes potencialūs Jūros intakai nusrūvo į Miniją arba tiesiai į Nemuną.

Jūros versmės – Rietavo lygumoje, kurią išgulėjo Baltijos jūros duburiu šliaužusio ledyno plaštaka. Iš pietų ir vakarų lygumą užtvėrė moreniniai kalvagūbriai, todėl ledynui tirpstant joje tvenkėsi vandenys. Slūgstant prieledyniniam ežerui , į pietus tekėję vandenys išplovė daug latakų, ir viename jų susidarė Jūros aukštupio senslėnis – platus, įsirėžęs į lygumos paviršių 6-8 m, labai užpelkėjęs. Ištekėjus  ežerui pietinėje Rietavo dubumos dalyje, Jūra sekė įkandin atsitraukiančios kranto linijos, pasuko į pietryčius ir, pragraužusi Kvėdarnos - Pajūralio moreninį kalvagūbrį, įtekėjo į baseiną ties Žvingiais. Šį upės raidos etapą primena erozinis slėnis: gilus ir siauras aukščiau Aitros žiočių, seklesnis, bet itin vingiuotas žemiau jų. Tiesiai į prieledyninį ežerą tekėjo ir kitos  Jūros upynui priklausančios upės – Akmena, Ančia, Šaltuona, Upė, Šešuvis ir kitos. Kaip ir Jūra, jos rinkosi žemiausias senkančio ežero dugno vietas, todėl ne sykį staiga keitė tekėjimo kryptį.

Prieledyniniam baseinui nuslūgus , susiformavo palyginti tiesi pietryčių krypties Jūros slėnio atkarpa tarp Žvingių ir Pagramančio. Vėlesnės stadijos ežero pakraštį Jūra pasiekė jau ties Jurbarku. Ši slėnio atkarpa – orientuota į pietus, labai vingiuota – turi keturias terasas, tiksliau jų fragmentų, nes pati upė taip pat energingai vingiuoja (meandruoja), ardo krantus. Ištekėjus prieledyninio ežero likučiams, Jūra pasuko į pietvakarius, prisijungė Šešuvį bei Ežeruoną ir šitaip galutinai suformavo savąjį upyną. Žemupyje slėnis labai išplatėja (salpos plotis siekia 1 km), o upės vagos nuolydis, priešingai, sumažėja iki 0,08 m/km. Per potvynius Jūra plačiai išsilieja, todėl žemupyje upės vaga suspausta apsauginių pylimų. Ties Oplankiu dešinysis Jūros slėnio šlaitas priartėja prie Vilkyškių kalvagūbrio, upė išsiriečia ir išriečia bene įspūdingiausią savo kelyje kilpą; prieš kelis dešimtmačius ši kilpa buvo nukirsta, ir Jūra sutrumpėjo 1,5 km. Kita didelė yra pačiame žemupyje ties Vėžininkais.
Jūros vagos išilginis profilis sudėtingas: aukštupio jis artimas tiesiniam, vidurupio – išgaubtas, o žemupio, priešingai, įgaubtas. Profilio iškiluma susijusiu su upės ruožu, kertančiu Kvėdarnos - Pajūralio moreninį kalvagūbrį. Šiame ruože vagos vidutinis nuolydis siekia net 1,6 m/km (visos Jūros – 0,60 m/km), vagoje yra daug riedulių, rėvų, ypač žemiau Aitros žiočių.

Vidutiniškai per metus Jūros baseine iškrinta apie 900 mm kritulių, beveik pusė jų virsta nuotėkiu (ties Taurage η=0,47). Apie tai byloja vandens matavimo stočių vandens nuotėkio matavimų medžiaga. Dabar Jūros baseine veikia 3 vandens matavimo stotys, viena jų – prie pačios Jūros – Tauragės vandens matavimo stotis (1 664 km², 1925); be jos, dar veikia Skirgailių vandens matavimo stotis prie Šešuvies (1 876 km², 1938) ir Paakmenio vandens matavimo stotis prie Akmenos (314 km², 1949). Gan ilgai veikusi Pajūrio vandens matavimo stotis prie Jūros (876 km², įsteigta 1939 m. buvo uždaryta 2000 m.
Vandeningiausi yra Jūros aukštupiai, drenuojantys kritulių gausiai drėkinamą takoskyrinę Žemaitiją: ties Pajūrio vandens matavimo stotimi Jūros metų nuotėkio hidromodulis siekia net 13,8 l s/km², jos intako Akmenos – 12,4 l s/km². Mažiausias santykinis vandeningumas būdingas limnoglacialinėms lygumoms, kurias skrodžia Šešuvis ir jo intakai: metų nuotėkio hidromodulis ties Skirgailių vandens matavimo stotimi yra tik 8,2 l s/km². Viso Jūros baseino hidromodulis vertintinas 9,6 l s/km², taigi upės vidutinis debitas žiotyse yra apie 38 m³/s. Metų nuotėkyje vyrauja lietaus vanduo (apie 50 %); sniego tirpsmo ir požeminių vandenų dalis yra atitinkamai 30 % ir 20 %. Nuotėkis natūraliai menkai reguliuojamas (φ=0,47-0,54), dažni poplūdžiai, kurie maždaug kas antri metai yra aukštesni už pavasario potvynius. Sausmečiu Jūra labai nusenka, ir tąsyk jos debitas (90 % garantijos) žiotyse tesiekia 2,3
m³/s. Per sausrą moreninės ir limnoglacialinės baseino dalių vandens nuotėkis labai skiriasi. Pavyzdžiui, 90 % garantijos minimalaus paros nuotėkio hidromodulis iki Pajūrio vandens matavimo stoties  yra 0,86 l s/km², o Šešuvies iki Skirgailių vandens matavimo stoties jis yra perpus mažesnis ir siekia tik 0,43 l s-1 km².
Pirmieji ledo reiškiniai (ižas) Jūroje pasirodo (vidutiniškai) gruodžio mėnesio pirmąją dekadą. Kai kada susidaro ižo kamštis, ir vandens lygis staiga pakyla. Patvankos aukštis Jūroje ties Pajūriu siekia 1,2 m, ties Taurage - 1,7 m, o Šešuvyje ties Skirgailiais - iki 1m. Upė visiškai užšąla gruodžio paskutinį dešimtadienį. Ledonešis prasideda kovo mėnesio pabaigoje (vidutiniškai kovo 20 d.); buvo metų (1946 m.), kada vandens lygis Jūroje aukščiau ledo sangrūdos (ties Taurage) staiga pakildavęs 4,7 m.
Jūros baseine iš viso telkšo 20 ežerų (didesnių kaip 0,5 ha), jų bendras plotas yra 1,75 km², baseino ežeringumas menkas – tik 0,04 %. Didžiausias yra Draudenių ežeras (0,89 km²), telkšantis Ežeruonos baseine. Antrasis pagal didumą būtų Dievyčio ežeras (0,30 km²), sergimas Padievyčio ir Gando kalnų; legendos pasakoja, kad būtent Gando viršūnėje medžiais sustingo Eglė žalčių karalienė ir jos vaikai, o Padievyčio piliakalnyje kitados degusi šventoji ugnis (Šventupiu iki šiol vadinamas vienas ežero intakas).
Kur kas daugiau yra tvenkinių, kurių bendras plotas yra apie 16 km², iš jų žuvininkystės tvenkiniai – apie 9 km²; visuose tvenkiniuose sukaupta apie 20 mln. m³ vandens. Pertvėrus Jūrą ties Balskais (79 km nuo žiočių) 14,5 m. aukščio užtvanka, susidarė didelis (2,8 km²) ir labai ilgas (apie 25 km) tvenkinys, kurio patvanka siekia net Žvingius. Balskų tvenkinio vanduo turėjo drėkinti laukus, taigi dabar jo ekonominis tikslingumas abejotinas. Ganėtinai dideli tvenkiniai įrengti prie Šešuvies intakų Upės (Paupio žuvininkystės tvenkinys, 2,08 km²; Palovaičio tvenkinys, 0,89 km²; Sujainių tvenkinys, 0,66 km²) bei Šaltuonos (Raseinių žuvininkystės tvenkinys, 2,24 km²; Kubetkiškių tvenkinys, 0,37 km²; Šaltuonos tvenkinys, 0,25 km²), Akmenos intako Yžnės (Padievyčio žuvininkystės tvenkinys, apie 3 km²) ir kitų upelių. Beje, 1976 m. rekontravus buvusios hidroelektrinės užtvanką, atsirado 0,24 km² pramoniniam vandentiekiui skirtas tvenkinys Jūroje ties Taurage.
Pelkėms tenka apie 5 % Jūros baseino ploto. Pats aukštupys iš dalies drenuoja didoką (4,5 km) aukštapelkę – Aukštąjį Tyrą; užpelkėję ir seklūs senslėniai, kertantys Rietavo lygumą. Reliktiniai ir retieji augalai – pilkieji gluosniai, tekšės, saulašarės, pelkinės mėtos ir kt. aptinkami prie Dievyčio ežero prigludusioje Ežerviečio pelkėje. Šešuvies kairysis intakas Įkojis surenka vandenis iš nusausintos Laukėsos pelkės (durpyno). Tarp Vilkyškių kalvagūbrio ir Jūros slėnio kūpso Plynojos aukštapelkė (3,6 km²); jos durpių klodo storis siekia 3-4 m.
Kadaise Jūros baseine dirbo daug vandens malūnų. S. Kolupaila (1938) mini, kad prieš karą tik prie Jūros jų buvo net šeši. Dar keturi malūnai veikė prie Šešuvies, o kur kiti mažesni, bet sraunūs upeliai, pavyzdžiui, Lokystos intakas Ašutis, kurio vanduo suko itin senų (statytų XIX a. pradžioje) Šilalės ir Balsių malūnų girnas. Pokariu daug senųjų malūnų pradėjo naudoti elektros energiją, ir beglobės užtvankos suiro, nors, kita vertus, kai kurioms pasisekė – buvo pritaikytos mažosioms hidroelektrinėms (Sujainių HE prie Upės – Šešuvies intako). Tiesa, jų pastatyta tik keletas. Seniausia – Tauragės HE prie Jūros (140 kW), pastatyta 1922 m. (veikė iki 1961 m.). Be minėtos Sujainių HE, dar viena hidroelektrinė 1953 m. buvo pastatyta prie Šešuvies intako Šaltuonos (80 kW, veikė iki 1973 m.). Hidroenergetikų žvilgsnis vėl krypsta į anksčiau įrengtus, bet dabar neefektyviai naudojamus tvenkinius, prie kurių būtų galima pastatyti elektrinių. Šiuo atžvilgiu perspektyvus Balskų tvenkinys, kuriame sukaupto vandens galia siekia 1 580 kW.