Agluona (Minijos intakas)   Aisė (Veiviržo intakas)   Alantas (Minijos intakas)   Ašva (Veiviržo intakas)   Babrungas (Minijos intakas)   Blendžiava (Salanto intakas)   Graumena (Šalpės intakas)   Minija (Minijos intakas)   Mišupė (Minijos intakas)    Pala (Minijos intakas)   Salantas (Minijos intakas)   Sausdravas (Minijos intakas)   Šalpė (Veiviržo intakas)   Tenenys (Minijos intakas)   Upita (Veiviržo intakas)   Veiviržas (Minijos intakas)   Žvelsa (Minijos intakas)

Baseino upių tinklo tankis (0,95 km/km²) artimas Lietuvos vidurkiui. Didžiausi (pagal ilgumą ir baseino plotą) Minijos intakai yra šie: Tenenys (kairysis, 72 km, 300 km²), Veiviržas (kairysis, 68 km, 668 km²), Babrungas (dešinysis, 47 km, 270 km²), Alantas (kairysis, 43 km, 146 km²), Salantas (dešinysis, 42 km, 268 km²), Žvelsa (kairysis, 39 km, 132 km²), Mišupė (dešinysis, 26 km, 49 km²), Sausdravas (dešinysis, 25,5 km, 315 km²), Agluona (kairysis, 22 km, 76 km²), Skinija (kairysis, 21 km, 51 km²), Pala (kairysis, 20 km, 100 km²). Ežerų palyginti nedaug (didesnių kaip 0,5 ha – iš viso 39, jiems tenka 0,6 % baseino ploto), daugiausia jų susitelkę Babrungo baseine (užima 5,5 % ploto). Čia neabejotinas lyderis yra Platelių ežeras (12 km²), po jo eina Ilgis (1,1 km²), Salotas (0,76 km²), Beržoras (0,49 km²) ir kt.

Pažvelgus į Minijos upyno ,,medį“ žemėlapyje, išsyk krinta į akis jo asimetrija. Paleogeografinių įvykių analizės duomenys byloja, kad ledynui pasitraukus į Šiaurės Lietuvą, Darbėnų - Skuodo apylinkėse tyvuliavo 35-40 m BS prieledyninis ežeras, kurio vandenys persiliejo į analogišką ežerą, telkšojusį toliau į pietus 16-20 m BS aukštyje. Vandeninga upė išplovė tiesų, platų (apie 1 km) ir gilų (40-50 m) slėnį, kuriuo dabar teka Salantas ir Minija nuo pastarojo žiočių iki Gargždų. Ledynui ištirpus, senovinė upė nuseko, daugiausia vandens plūdo iš Žemaičių aukštumos – užsimezgė dabartinės Minijos aukštupys. Minijos vagos išilginis profilis primena klasikinį – yra įgaubtas, tačiau, kita vertus, jame galima pastebėti daug nelygumų. Pagal juos Miniją galima būtų suskirstyti į 7 atkarpas. Pirmoji atkarpa – aukštupys iki Medingėnų: upė teka siauru eroziniu slėniu, išplautu Vidurio Žemaičių aukštumos kraštiniame kalvagūbryje, nuolydis siekia 5 m/km. Antroji atkarpa – nuo Medingėnų iki Sruojos žiočių: Minija patenka į plynaukštę ir meandruoja buvusio prieledyninio baseino pakrante; slėnis platus, jame yra 5 m ir 12-13 m santykinio aukščio terasos, bet salpa – siaura; nuolydis sumažėja iki 0,6 m/km, tačiau prie Sausdravo ir Luknos žiočių siekia 0,7 - 0,8 m/km. Tarp Didžiosios Sruojos žiočių ir Liepgirių kaimo Minija kerta vidurinį kraštinių moreninių kalvų ruožą, todėl trečiosios atkarpos nuolydis padidėja, slėnyje atsiranda 22-28 m santykinio aukščio plati smėlinga terasa. Ketvirtosios atkarpos (tarp
Liepgirių ir Salanto žiočių) nuolydis siekia jau 1,8 m/km – upė graužiasi į vakarinį kraštinių darinių kalvagūbrį, vingriai kilpinėja (Liepgirių, Dyburių ir kitos kilpos), plauna smėlio šlaitus. Penktoji atkarpa yra ilgiausia, tęsiasi nuo Salanto žiočių iki Gargždų,  apima visą Minijai priklausantį senslėnį, kuriame didžiausią plotą užima dviejų lygių salpa (senovinė – aukštesnė ir jauna – žemesnė). Abipus slėnio matomi dviejų erozinių lygių pėdsakai – senųjų protakų išskalauti rieduliai. Senslėniu tekėjusios Minijos proupės žiotys buvo ties Gargždais, todėl čia yra senovinės deltos smėlio salų; vagos nuolydis šioje atkarpoje sumažėja iki 0,36 m/s. Tarp Gargždų ir Priekulės (šeštoji atkarpa) Minija skrodžia Vakarų Žemaičių lygumą, šiame ruože ji tęsė kelionę ištekėjusio 16-20 m BS ežero dugnu, todėl vagos nuolydis siekia tik 0,13 m/s, slėnis seklėja, siaurėja ir galop salpa išvis išnyksta. Žemiau Priekulės prasideda paskutinė (septintoji) Minijos atkarpa: išnyksta slėnis, palei upės vagą yra natūralių ir dirbtinų pylimų – prasideda užpelkėjusi ir aliuvinių sąnašų apklota Nemuno deltos lyguma. Per visą ilgį upė krinta 178 m, taigi vagos vidutinis nuolydis yra 0,84 m/km.

Aukštupyje Minija elgiasi ,,normaliai“ – teka reljefo vyraujančio nuolydžio kryptimi, todėl turi ir kairiųjų, ir dešiniųjų intakų, tačiau nuo Salanto žiočių virsta nenuoseklia upe, maitinama išskirtinai kairiųjų intakų.

Per metus Minijos baseine iškrinta apie 960 mm kritulių, apie 560-570 mm jų išgaruoja, taigi nuotėkio koeficientas η=0,41. Minijos baseino vidutinis svertinis metinio nuotėkio hidromodulis yra itin didelis ir siekia 13,1 l s/km², vadinasi, į žiotis plukdomas upės vidutinis debitas yra apie 38,5 m³/s. Erdvinė nuotėkio variacija nėra didelė – nuo 11,8 l s/km² Minijos aukštupyje (Vainaičių hidrologijos stotis) iki 14,3 l s/km² Veiviržo baseine (Mikuižių hidrologijos stotis); didesnė metinio nuotėkio variacija būdinga vandeningiems intakams (Veiviržo ties Mikuižiais Cv = 0,31, o Minijos ties Vainaičiais Cv = 0,27).
Minija yra tarpinio tipo upė, t. y. jai būdingi ir poplūdžiai, ir pavasario potvyniai su poplūdžiais. Per poplūdžius debitai dažnai (kas antri metai ir dažniau) yra didesni nei per pavasario potvynį. Pavyzdžiui, itin vandeningais 1926 m. didžiausi debitai Minijoje ties Kartena buvo: pavasario potvynio (kovo 4 d.) – 177 m³/s, vasaros poplūdžio (liepos 23 d.) – 224 m³/s, žiemos poplūdžio (sausio 1 d.) – 265 m³/s. Taigi Miniją daugiausia maitina lietaus vandenys (sudaro apie 55 % metinio nuotėkio tūrio); sniego tirpsmo ir požeminių vandenų dalys upės nuotėkyje yra apylygės (po 22-23 %). Per metus nuotėkis būna gan tolygus: Minija ties Kartena per 3 pavasario mėnesius nuplaukia 32 %, vasarą ir rudenį – 39 %, žiemą – 29 % metinio nuotėkio tūrio (nuotėkio
natūralus sureguliavimas φ=0,58). Itin sausomis vasaromis (90 % garantijos) upės debitas ties Kartena sumažėja iki 1,5 m³/s, o mažesni intakai išvis išdžiūna. Be abejonės, lemia baseino litologija, nuo kurios priklauso gruntinių vandenų ištekliai, ir upelio vagos įsiręžimo gylis, t. y. gruntinių vandenų drenavimo galimybės.  Pastebėta, kad didesnis minimalus nuotėkis yra upelių, drenuojančių smėlėtus baseinus, pavyzdžiui, Didžiosios Sruojos, Mažosios Sruojos, Sausdravo ir kt. Kita vertus, jei smėlių sluoksnis plonas, pavyzdžiui, Žvelesio baseine (Veiviržo upynas), sausmečiais upeliai vistiek išdžiūna. Litologijos poveikis minimaliam nuotėkiui ypač juntamas mažesniuose kaip 10 km² baseinuose. Galima kiekybiškai įvertinti sausmečiu neveiklią (be nuotėkio) Minijos baseino dalį. Ji ganėtinai didelė ir siekia 28 %, o kai kurių intakų – 34 % (Veiviržo), 42 % (Sausdravo) ir net 64 % (Palos). Sausomis vasaromis išdžiūva ir Minijos hidrografinis aukštupys – iš Sydeklio ežerėlio ištekanti Mava. Pastebėta, kad melioruoti, taigi tekantys pagilintomis vagomis upeliai srovena ir sausmečiu, nors ir drenuoja priemolingus baseinus.

Silpniau drenuojamose tarpukalvių įlomėse susidarė didelės, bet seklios aukštapelkės (Repšaičių Tyras, Monstaičių Tyras ir kt. – Minijos - Luknos - Žvelsos - Jūros takoskyroje). Iš viso pelkėms tenka apie 5 % Minijos baseino ploto, o šlapioms (sausintinoms) žemėms – net 58 %. Tarp gražiausių aukštapelkių paminėtinas Reiskių Tyras (8,75 km²), plytintis tarp Alanto ir Trumpės (Žvelsos intako). Pelkės paviršius labai išgaubtas, jos kupra pakilusi aukščiau lago 5-6 m. Didžiausia Reiskių Tyro vertybė – nesuskaičiuojami ežerokšniai, kurių apstu ir centrinėje iškilumoje, ir praskydusiose pakraščių klampynėse, ypač rytinėje dalyje. Didžiausio Reiskių  ežero plotas siekia 4 ha. Pelkėje auga tekšės, kupstinės kūlingės ir kiti retieji augalai. Minijos ir Tenenio santakoje plyti dar viena garsi pelkė – Aukštumalė (apie 30 km²), kurios durpių klodas net 3 m gilesnis už dabartinį jūros lygį. Dar palyginti neseniai ir ši aukštapelkė garsėjo ežerokšnių kompleksais (ypač pietrytinėje dalyje), todėl, siekiant išsaugoti ir renatūruoti pelkinę ekosistemą, pasižyminčią ežerokšnių kompleksais, savitomis biocenozėmis, retų ir nykstančių rūšių augalija bei gyvūnija paskelbta telmologiniu draustiniu.

Minijos baseine nėra didelių miestų, pramonės įmonių, todėl į jį patenka bene mažiausia buitinių ir pramoninių nuotekų teršalų (lyginant su didžiųjų upių baseinais). Pagal visus vandens kokybės kriterijus Minija priskirtina mažai užterštoms upėms, todėl jos vandeniu papildomos Klaipėdos vandenvietės. Į Miniją ir jos intakus plaukia neršti lašišos, šlakiai, žiobriai – švarų vandenį mėgstančios žuvys. Iš ichtiologų tirtų šešiolikosos baseino upelių (1991), net 13-oje buvo aptikta šlakių reproduktorių, ypač daug jų buvo Veiviržo ir Žvelsos upeliuose. Ištirta, kad šlakių ir upėtakių jauniklių vidutinis tankis bei biomasė Minijos baseine yra didžiausi tarp visų Lietuvos upių. Taip pat Minija yra svarbi lašišų nerštavietė, iš jos į jūrą kasmet sugrįžta apie 4 000-5 000 lašišų jauniklių.

Minija nuo seno buvo darbštuolė. Iš paties aukštupio (nuo Žarėnų) buvo plukdomi palaidi rąstai (popiermalkės), o nuo Salanto žiočių žemyn upe plaukė ir dideli sieliai. Minijos vandens energiją naudojo malūnai, kurių nuo aukštupio iki Gargždų buvo 16, o ant intakų – arti 30. Daugelio malūnų užtvankos ir vandens ratai jau seniai suiro, tačiau pastatai išliko, tarp jų yra statytų užpraeito šimtmečio pradžioje ir ankščiau (Sonteklės prie Salanto, 1662 ; Šateikių prie Blendžiavos – Salanto intako, 1817; Pesčių prie Pestupio – Salanto intako, 1832; Nautilčių prie Ašvos – Veiviržo intako, 1840; Vilkėnų prie Švėkšnalės – Ašvos intako, 1843; Burbaičių prie Mišupės, 1847; Nausodžio prie Minijos, 1867 ir kt). 1924 m. prie Minijos, šiek tiek žemiau Babrungo žiočių, buvo pastatyta pirmoji 150 kW galios Stonaičių HE (užtvankos aukštis 3,5 m, tvenkinio plotas 3 ha, visa talpa 60 tūkst. m3); vėliau rekonstruota, Ji veikė iki 1970 m. Lygiai po dešimties metų (1934) nedidelė hidroelektrinė (15 kW) buvo pastatyta ir prie Salanto (Salantų HE, veikė iki 1961 m.). Tarpukaryje brandinti ir drąsesni hidroenergetiniai projektai, pavyzdžiui, panaudoti Minijos garsiosios Dyburių kilpos vandens energiją. Šiame tarpeklį primenančiame rėvingame 4 km ilgio ruože upė nukrinta apie 9 m, o kilpos ,,kaklelio“ plotis yra vos 400 m – idealios sąlygos derivacinei hidroelektrinei. Šis ir kiti projektai (hidroelektrinės prie Minijos žemiau Kartenos) nebuvo realizuoti. Pokaryje Minijos baseine buvo pastatytos dvi hidroelektrinės: viena (Plungės HE, 150 kW, veikė 1957-1960 m.) – prie pačios Minijos, o kita (Gandingos HE, 800 kW, pastatyta 1961 m.) – prie Babrungo (9 km nuo jo žiočių). Pastaroji hidroelektrinė – derivacinė, jai maitinti įrengtas 0,87 km² ir 2,5 mln. m³ talpos tvenkinys. Gandingos HE kompleksui taip pat priklauso Platelių užtvanka, reguliuojanti Babrungo ištakos nuotėkį ir padedanti sukaupti ežere papildomai 11,4 mln. m³ vandens (dabar Babrungo aukštupio nuotėkis nereguliuojamas).

Minijos žemupyje ties Lankupiais atsišakoja Klaipėdos kanalas. Sumanymas jį kasti gimė dar XVIII a. viduryje: kanalas ir pagilintas Minijos žemupys turėjo tapti saugia navigacine trasa, siejančia Nemuno žiotis su Klaipėda, aplenkiant audringas Kuršių marias. Bet projektą pradėta realizuoti tik 1863 m., kada Prūsijos valdžia pagaliau ryžosi tai daryti iždo lėšomis. Kanalo, kuris buvo pavadintas karaliaus Vilhelmo vardu, ilgis siekė 24 km, plotis paviršiuje ir dugne – atitinkamai 28 ir 15 m, vidutinis gylis – 1,7 m. Statyba tęsėsi 10 metų (baigta 1873 m.), po Prūsijos-Prancūzijos karo (1870-1871 m.) joje dirbo ir karo belaisviai prancūzai; kanalu galėjo plaukioti net 300 t talpos laivai. Dabar kanalas navigacijai nenaudojamas, jo vanduo tiekiamas į Klaipėdos trečiąją vandenvietę. Minijos nuotėkį kanalu reguliuoja rekonstruotas Lankupių šliuzas.
Minijos baseine apstu ypatingo gamtosaugos statuso teritorijų, upelių, ežerų, pelkių. Kur jų ieškoti, dažnai sako pavadinimai: Salantų regioninis parkas, Veiviržo, Gandingos, Minijos senslėnio, Minijos (laužtinio slėnio atkarpa tarp Žarėnų ir Medingėnų), Kulių (Reiskių Tyras ir jo apylinkės) kraštovaizdžio draustiniai, Sydeklio (Minijos hidrografinės versmės) ir Graumenos (Tenenio intako) hidrografiniai, Upitos ir Klaipėdos kanalo hidrologiniai draustiniai bei minėtieji ichtiologiniai draustiniai; Minijos žemupio dalelė patenka į Nemuno deltos regioninį parką, o Babrungo aukštupys (Platelių ežerynas) – į Žemaitijos nacionalinį parką.