Dubysa (Nemuno intakas)   Gynevė (Dubysos intakas)   Gryžuva (Dubysos intakas)   Kirkšnovė (Dubysos intakas)   Kražantė (Dubysos intakas)   Lapišė (Dubysos intakas)   Luknė (Dubysos intakas)   Šiaušė (Dubysos intakas)

Dubysa (ilgis 130,9 km, baseino plotas 1 972 km²) yra atvirkštinė upė, t. y. jos tėkmė nedera su paviršiaus pagrindiniu nuolydžiu, mažėjančiu Vidurio Lietuvos ir Karšuvos žemumų link, o ręžiasi į pakilumos vidurį. Todėl baseinas siauras (tik ties Kražantės žiotimis išplatėja iki 50 km), ir iš šiaurės į pietus tęsiasi apie 90 km.

Anksčiau upė prasidejo Reizgių ežere, o jos hidrografinės (tolimiausios) versmės buvo į ežerą įtekančio Genupio upelio aukštypyje, užsimezgančiame apie 1,5 km į vakarus nuo Rėkyvos ežero. Pastačius Bubių užtvanką, situacija pasikeitė. Reizgių ežeras atsidūrė patvankos zonoje, o tvenkinio vandenį naudoja Šiaulių pramonės įmonės, be to, jo perteklius nukreipiamas į Kulpę, t. y. į Mūšos baseiną. Kadangi Bubių tvenkinys Dubysos beveik nemaitina, upės versmėmis laikomas tvenkinio pakraštys ties Pailių reguliuojančiu šliuzu.

Problemiškų vietų Dubysos baseiną ribojančioje takoskyroje yra ir daugiau. Antai S.Kolupaila mini, kad dar tarpukaryje melioratoriai atėmė iš Šušvės intako Žadikės Praviršulio ežero baseiną ir ,,padovanojo“ jį Dubysos intakui. Iki šiol neaišku, kam priskirti Rėkyvos ežerą. Formaliai – Mūšos baseinui, tačiau ežero vanduo patenka ir į Nevėžį (Beržės upe), ir į Dubysą (Genupiu – į Bubių tvenkinį). Tas pats pasakytina ir apie Ventos-Dubysos perkasą, kurio 8,5 km atkarpa (69 km² baseino plotas) priskirta Dubysai, o likusi – Ventai.
Upių tinklo tankis Dubysos baseine yra 1,07 km/km², šiek tiek didesnis už Lietuvos vidurkį. Upelių, ilgesnių kaip 10 km, tik 17. Didžiausi Dubysos intakai – Kražantė (dešinysis, ilgis 87 km, baseino plotas 378 km²), Gynėvė (kairysis, 36 km, 125 km²), Šiaušė (kairysis, 32 km, 120 km²), Luknė (kairysis, 26 km, 133 km²), Kirkšnovė (kairysis, 25 km, 83 km²), Lapišė (kairysis, 21 km, 91 km²). Paminėtina ir Gryžuva: jos ilgis yra tik 14 km, tačiau baseino plotas siekia 190 km², šiuo atžvilgiu ją pranoksta tik Kražantė.

Dubysos baseino paviršiuje vyrauja vidutinio sunkumo gruntai (70 %); smėlių ir sunkių priemolių dalys yra nedidelės ir apylygės (atitinkamai 11 % ir 9 %). Miškų išlikę labai nedaug (13 % baseino ploto). Didesni jų masyvai, daugiausia eglingi pušynai, aptinkami aukštupyje, ypač Ventos-Dubysos tarpupyje, taip pat apie Tytuvėnus, Šiluvą. Tarpugūbriuose ir duburiuose yra didelių pelkių. Didžiausios jų, pavyzdžiui, Didysis Tyrulis (38 km²), susidarė užpelkėjus sekliems vandens baseinams ir kai kur (Praviršulio pelkėje, 32 km²) dar tyvuliuoja jų likučiai (Praviršulio ežeras). Iš pelkių, susidariusių pažliugusiuose duburiuose, paminėtinos Tytuvėnų Tyrelis ir Šiluvos Tyrelis. Pastarosios duburį supa smėlių užpiltos galinės morenos, čia subėga daug šaltinių, todėl pelkės pakraščiai tebėra žemapelkės stadijos, o centrinė dalis jau virto aukštapelke.

Aukštupyje (iki Lyduvėnų) plyti banguota moreninė lyguma, kurią iš vakarų į rytus kerta Ventos-Dubysos kanalo senklonis; vidurupyje (tarp Lyduvėnų ir Ariogalos) ir žemupyje baseino paviršius formavosi Ančios ir Dubysos ledyninių plaštakų sąlytyje bei Nemuno žemupio ledyninės plaštakos pakraštyje, o po to buvo aplygintas prieledyninių vandens baseinų. Dubysos slėnio plotis yra apie 0,5 km, o gylis einant iš aukštupio žemupio link kinta nuo 30 iki 50 m. Slėnyje aptinkama penkių terasų fragmentų; raiškiausios ir plačiausios – apatinės (pirmoji ir antroji) terasos, pakylančios virš siauros salpos atitinkamai 1-2 m ir 5-7 m.
Dabar Dubysos baseine veikia tik 2 vandens matavimo stotys: viena prie pačios Dubysos – Lyduvėnų, įsteigta 1933 m., baseino plotas 134 km² bei Pluskių vandens matavimo stotis (1970 m., 221 km²) prie Kražantės. Padubysio vandens matavimo stotis, veikusi nuo 1929 m., dėl ekonominių priežasčių buvo uždaryta 2000 m. XX a. pradžioje prie Dubysos keletą metų veikė rusų hidrotechnikų įsteigtos stotys (Navininkų, Betygalos, Plembergo, Ariogalos, Klumpės); 1929-1943 m. vandens lygį žemupyje vandens lygį matavo Seredžiaus vandens matavimo stotis. Daug hidrologinės informacijos sukaupė prie Kražantės veikusios Linkaučių vandens matavimo stotis (1956-1966 m., baseino plotas 103 km²) ir Prušinskų vandens matavimo stotis (1933-1970 m., baseino plotas – 371 km²), bei prie Gryžuvos veikusi Pagryžuvio vandens matavimo stotis (1936-1954 m., baseino plotas – 185 km²).
Vidutiniškai per metus Dubysos baseine iškrinta 720 mm kritulių, beveik trečdalis jų virsta nuotėkiu (η = 0,32). Pastarojo metinis hidromodulis yra 7,0 l s/km², t. y. vidutinis debitas upės žiotyse siekia 14,2 m³/s. Kita vertus, įvairių baseino dalių santykinis vandeningumas labai skiriasi. Antai Dubysos aukštupio (iki Lyduvėnų) hidromodulis yra tik 6,8 l s/km², o Kražantės baseine jis kinta nuo 11,2 l s/km² aukštypyje iki 9,3 l s/km² žemupyje. Pačios Dubysos nuotėkis (ties Padubysio vandens matavimo stotimi) yra vidutiniškai sureguliuotas (φ = 0,57), upė yra mišrios mitybos, kiekvienam mitybos šaltiniui tenka mažiau kaip 50 % metinio nuotėkio: sniego – 35 %, lietaus – 36 %, požeminio vandens – 29 %. Per 3 pavasario mėnesius nuplaukia 46 %, vasarą–rudenį – 29 %, žiemą – 25 % metinio nuotėkio tūrio. Vidutinis pavasario potvynio debitas Dubysoje ties Padubysiu yra 154 m³/s, o minimalaus paros debito vidutinė reikšmė vasarą – tik 2,2 m³/s. Kita vertus, per liūtis upė stipriai ištvinsta, ir tada jos debitai gali būti didesni nei pavasarį. Šitaip atsitinka maždaug kas ketvirti metai.
Dubysos baseine yra 40 ežerų, didesnių kaip 0,5 ha, tačiau jų bendras plotas siekia tik 5,5 km² (baseino ežeringumas 0,27 %); vyrauja maži ežerėliai. Yra tik 3 ežerai, didesni kaip 50 ha - Gauštvinis (1,28 km², Gryžuvos baseinas), Bijotė (0,61 km², Kurtuvos baseinas), Praviršulis (0,74 km², Luknės baseinas). Ežerų stygių šiek tiek kompensuoja tvenkiniai, kurių bendras plotas (su žuvininkystės tvenkiniais) yra apie 10 km², o vandens tūris – 37 mln. m³. Didžiausi tvenkiniai yra šie: Bubių I (4,2 km², 22,4 mln. m³, Dubysa), Bubių žuvininkystės (3,1 km², 3,6 mln. m³,Šyvinis, Kurtuva), Plikių (0,43 km², 2,2 mln. m³, Gynėvė), Kaulakių (0,40 km², 2 mln. m³, Luknė), Žadvainių (0,35 km², 0,4 mln. m³, Ventos-Dubysos perkasas), Valaičių (0,22 km², 0,62 mln. m³,Šiaušė), Pagryžuvio (0,20 km², 0,46 mln. m³, Gryžuva).

Nemuno-Ventos vandens kelio, jungiančio Nemuną su Ventą per Dubysos upę, idėja kilo dar 1796 m., o ją realizuoti pradėta 1825 m. Per penkerius metus (iki 1830 m.) iškastas 30 km ilgio kanalas, jame įrengta 10 šliuzų. Kanalas buvo 1,5 m gylio, jo plotis prie dugno 8,85 m, o viršuje – 15 m. Pagal statytojų sumanymą, Bubiuose turėjo būti įrengtas žiemos uostas, todėl Dubysoje tarp Šiaušės (kairiojo intako) žiočių ir perkasos pradžios buvo pastatyta dar 17 šliuzų (25,9 x 4,7 m). Visus darbus, kuriems jau buvo išleista per 10 mln. aukso rublių, nutraukė 1831 m. prasidėjęs sukilimas, ir prie projekto vėl sugrįžta tik XX šimtmečio pradžioje. Šįsyk rusų hidrotechnikų užmojai buvo didesni – kanalo dugo plotis turėjo būti 20 m, o paviršiuje – 62 m, todėl pradėta Dubysos slėnio detali menzualinė nuotrauka (iš pradžių M 1:25 000, o vėliau M 1:5 000) bei imta kaupti hidrologinę informaciją. 1901-1902 m. prie Dubysos buvo įsteigtos 7 hidrologijos stotys, veikusios iki 1905 m.

Ventos-Dubysos kanalas taip ir nesulaukė didelių prekybos laivų, tačiau praeitame šimtmetyje prie jo buvo pastatyta daug vandens malūnų – Mirskiškės, Bernotų, Dengtilčio, Burkšų, Darbučių. Senosios užtvankos jau seniai išgriautos (Kolupaila, 1938).